农民工保证金主要由施工方缴纳，这是法定责任，但甲乙双方可通过合同协商具体责权，不过施工方仍为最终缴纳责任主体。以下从多个角度进行详细分析：

一、法定缴纳主体

根据相关法律法规及政策要求，施工方在承包工程时，需按照一定比例存储农民工保证金，专项用于支付农民工被拖欠的工资。这一规定明确了施工方作为农民工的直接管理方，负有保障其合法权益的重要责任。施工方缴纳农民工保证金，是法律对其提出的一项明确要求，旨在确保农民工能够按时足额获得工资报酬。

二、甲乙双方的协商空间

尽管法规规定了施工方的缴纳义务，但在实际操作中，甲方（业主或出资人）与施工方可通过合同协议，就保证金的缴纳责权进行协商。例如，双方可以约定由甲方先行垫付保证金，后续从工程款中扣除；或者约定由双方共同承担保证金等。然而，这种协商不得违背保障农民工工资权益的基本原则，且施工方仍为法定的缴纳责任主体。如果协商结果导致农民工工资权益受损，施工方仍需承担相应的法律责任。

三、缴纳与监管的具体规定

1. 缴纳比例与方式：农民工保证金的缴纳比例因地区而异，具体数目由当地政府决定。工资保证金实行差异化存储办法，对未发生工资拖欠的单位实行减免措施，对发生拖欠的单位则适当提高存储比例。此外，工资保证金可用金融机构保函替代，以提供更加灵活的缴纳方式。

2. 监管机制：建设工程项目审批行政部门负责通知并监督建设单位（通常为甲方）按照工程合同价款的相应比例向银行专户存储保证金。这一机制确保了保证金的专款专用和有效监管，防止保证金被挪用或滥用。

3. 退还流程：工程交工后，建设单位需在施工现场公示竣工日期、工资结算结果等信息，公示时间不少于15个工作日。若确认无拖欠情况，银行将保证金本金及活期利息一次性退还给缴费单位（通常为施工方或根据合同约定确定的单位）。

四、法律意义与实际应用

1. 法律保障：农民工保证金的缴纳制度为农民工提供了法律上的保障，确保他们在付出劳动后能够按时足额获得工资报酬。这有助于维护农民工的合法权益，促进社会公平正义。

2. 规范用工：该制度促使施工方规范用工行为，减少工资拖欠现象的发生。施工方为了遵守法律法规和避免承担法律责任，会更加注重用工管理和工资支付问题，从而维护建筑市场的秩序和稳定。

3. 促进和谐：通过保障农民工的合法权益，该制度有助于构建和谐的劳动关系和社会关系。减少因工资拖欠而引发的社会矛盾和纠纷，有利于社会的和谐稳定和发展。

建议：在实际操作中，甲乙双方应明确约定农民工保证金的缴纳责权，并在合同中详细规定相关条款。同时，双方应共同遵守法律法规和政策要求，确保农民工工资权益得到充分保障。如果遇到相关法律问题或纠纷，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和解决方案。