关于您提出的“病假是否需要三甲以上医院证明才合法”的问题，这实际上涉及到了用人单位的规章制度与劳动者就医选择权之间的平衡。

首先，从法律层面来说，用人单位并没有权力强制要求劳动者必须到三甲医院开具病假证明。随着医疗保险制度的建立和完善，医疗费用主要由社会保险体系中的医保基金承担，因此，用人单位强行要求劳动者前往指定医院（如三甲医院）就诊的前提已经不存在。凡是经过卫生行政主管部门核准具有资质的医疗机构，并由具有治疗、处方资质的医疗人员进行的诊疗行为，其合法性和权威性都应当得到确认。

其次，劳动者在就医过程中享有选择合适医院的自由。劳动者可以根据病情的轻重缓急、便利情况、以往的病例治疗需要以及专业信任度等因素，来选择适合自己的医院进行就诊。这是劳动者的基本权利，用人单位应当予以尊重。

然而，用人单位也有权对存疑的病假证明提出质疑。如果用人单位对劳动者提交的病假证明存在疑问，比如认为证明的真实性、合理性或必要性有问题，那么用人单位可以要求劳动者提供进一步的证明或解释。这是用人单位为了维护自身正常运营秩序和避免“泡病假”现象而采取的合理措施。

最后，劳动者在享受病假待遇的同时，也有义务履行请假手续。劳动者应当按照用人单位的规章制度，及时提交病假证明和相关单据，以便用人单位进行审批和管理。如果劳动者未能按照要求提交病假证明或相关单据，那么用人单位有权拒绝批准其病假申请。

针对您提到的具体情况，如果公司HR不认可三甲医院开具的“就诊证明”作为病假的依据，而只认可“休假证明”，这可能是公司内部的规章制度所致。但您有权向公司解释和说明“就诊证明”的有效性和合法性，并要求公司按照法律规定和规章制度进行公正处理。如果公司仍然坚持其做法，并且您认为这侵犯了您的合法权益，那么您可以考虑向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

综上所述，病假并不一定需要三甲以上医院的证明才合法。劳动者在就医过程中享有选择合适医院的自由，但同时也应当履行请假手续并遵守用人单位的规章制度。用人单位在合法合规的前提下对劳动者进行精准管理，方能达成人性化与制度化的良性结合。