请年假通常不会扣全勤，但具体是否会影响全勤奖还需参考公司的具体规定及劳动合同中的相关条款。以下从不同角度为你详细分析：
法律层面
根据《职工带薪年休假条例》的规定，连续工作1年以上的职工有权享受带薪年休假。这一假期是法律赋予劳动者的合法权益，单位应当保证职工享受年休假，并且在年休假期间，职工应享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，从法律角度来看，年假并非缺勤，单位不得因员工依法休年假而扣除其全勤奖或降低其工资待遇。
全勤奖设置逻辑与公司规定
全勤奖的设置初衷是为了鼓励员工在正常工作日内保持出勤，避免无故缺勤、迟到或早退。年假作为劳动者依法享有的假期，其申请和休假过程均遵循公司规定的流程，并经过批准。因此，年假与无故缺勤等违反出勤纪律的行为有本质区别，不应被纳入影响全勤奖评定的范畴。
然而，不同公司可能有各自特殊的规章制度。部分公司可能会将全勤奖与出勤天数挂钩，或者对全勤奖的评定有其他特定要求。例如，有些公司可能规定，只有当月全勤（即无任何请假记录，包括年假、病假、事假等）的员工才能获得全勤奖。在这种情况下，员工休年假就可能会影响全勤奖的获得。
实际操作建议
查看公司规定：首先，员工应仔细查阅公司的员工手册、劳动合同或相关规章制度，明确年休假与全勤奖的具体规定。这是了解自己权益和公司要求的重要途径。
沟通协商：如果公司规定中存在不明确或不合理之处，员工应与人力资源部门进行沟通协商。在沟通过程中，员工可以明确表达自己的观点和诉求，寻求合理的解决方案。例如，员工可以提出，年假是法律赋予的权益，不应影响全勤奖的获得；或者要求公司明确全勤奖的评定标准，以便员工更好地规划自己的休假安排。
维护权益：若公司拒绝遵守法律规定或合理规定，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁前，员工应收集好相关证据，如公司规定、劳动合同、请假记录等，以便在维权过程中提供有力的支持。
特殊情况处理
如果公司确实存在以休年假为由扣除全勤奖的情况，且这一规定并不违反法律法规的强制性规定（例如，公司规定在入职时已明确告知员工，并得到了员工的认可），那么员工在维权时可能会面临一定的困难。在这种情况下，员工可以考虑与公司进行进一步的沟通协商，或者寻求其他途径来解决纠纷，如通过工会组织或行业调解机构进行调解。
总结来说，请年假通常不会扣全勤，但具体是否会影响全勤奖还需参考公司的具体规定。员工应了解自己的权益和公司规定，以便在必要时采取适当的行动来维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。