结论：劳动仲裁赢了但一审输了，这种情况在司法实践中是可能发生的，主要归因于证据、法律适用、事实认定、程序问题以及一审与二审审查标准等方面的差异。以下是对这一现象的详细分析：
一、证据方面
新证据的出现：
- 在一审过程中，任何一方都可能提交新的证据，这些证据可能是在仲裁阶段未被发现或未能及时取得的。新证据的出现可能改变案件事实，从而影响判决结果。例如，在劳动报酬纠纷中，公司可能在一审中提交了新的工资支付记录，证明工资已经支付，从而改变了仲裁阶段的裁决结果。
证据审查标准的变化：
- 法院对证据的审查标准通常比仲裁机构更为严格。一些在仲裁中被认可的证据，可能因不符合法院的证据审查标准而不被采信。这可能导致一审判决与仲裁裁决不一致。
二、法律适用方面
法律理解和解释的差异：
- 仲裁员和法官在法律素养和审判经验上存在差异，可能导致对同一法律条文的理解和解释不同。这种差异可能导致一审法院在适用法律时与仲裁机构产生分歧，从而影响判决结果。
法律适用的变化：
- 在一审期间，可能出现新的法律法规或司法解释，导致法律适用上的变化。一审法院会依据新的法律依据进行裁判，这可能导致判决结果与仲裁裁决不同。
三、事实和程序认定方面
一审程序存在瑕疵：
- 如果一审程序存在违法或不当之处，如未依法送达传票、违反回避制度等，可能影响案件的公正审理。二审法院在审查时发现这些问题，可能会撤销一审判决，发回重审或直接改判。
一审对事实的认定存在错误或不清晰：
- 一审法院在认定事实时可能存在错误或不清晰之处。二审法院会对一审认定的事实进行全面审查，如果认为一审对某些关键事实的认定存在错误或不清晰，二审法院可能会根据自己的调查和判断重新认定事实，并作出不同的判决。
二审审查标准更严格：
- 相较于一审，二审的证据审查标准通常更为严格。一审时某些被认为充分的证据在二审中可能被认定为不充分或存在瑕疵，导致裁判结果改变。
四、应对策略与建议
充分准备证据：
- 在劳动仲裁和一审过程中，应充分准备并保留关键证据。确保证据的合法性、真实性和关联性，以便在诉讼过程中有力支持自己的主张。
深入了解法律法规：
- 深入了解相关法律法规及当地司法实践，确保在诉讼过程中能够准确引用法律条文，维护自己的合法权益。
确保诉讼程序的合法性：
- 严格遵守诉讼程序规定，确保诉讼程序的合法性和正当性。避免因程序问题导致判决结果不利。
考虑上诉或申请再审：
- 如果对一审判决结果不服，可以考虑在法定期限内提起上诉或申请再审。通过二审或再审程序，有可能改变一审判决结果，维护自己的合法权益。
寻求专业法律帮助：
- 在面对复杂的劳动争议时，建议向我咨询，以获取更具体的法律建议和帮助。作为专业律师，我能够根据你的具体情况提供有针对性的法律策略和建议。
总之，劳动仲裁赢了但一审输了并不意味着你的权益无法得到维护。通过充分准备证据、深入了解法律法规、确保诉讼程序的合法性以及考虑上诉或申请再审等措施，你仍有可能在后续的法律程序中维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。