针对历史遗留问题的违建处理，这确实是一个复杂且需要细致考虑的问题。不同地区可能会根据自身的实际情况和政策导向，制定不同的处理细则。以下我将结合两个具体地区的实施意见，为您详细阐述一般性的处理流程和考虑因素。

一、处理背景与目标

历史遗留问题的违建，往往由于历时较长、情况复杂，处理起来需要兼顾多方利益，包括违建当事人的合法权益、城市规划的合理性以及公共利益的保障等。处理的目标通常是规范违建处理流程，优化资源配置，盘活存量土地资源，释放土地发展空间，并促进产业转型升级或城市形象提升。

二、处理程序（以深圳市光明区为例）

1. 初审阶段：

   • 违建当事人需持相关资料文件向辖区街道办事处申请处理。
   • 街道办事处依法对违建的建成时间、当事人身份、现状用途进行核实，并进行权属调查和分宗定界。
   • 经依法公示无异议后，街道办事处出具《历史违建初审意见表》。

2. 分类审查阶段：

   • 区城管和综合执法局对街道办事处移交的历史违建进行资料审查，符合处理条件的，向市规划和自然资源局等相关部门征询处理意见。
   • 对于涉及占用基本生态控制线等特殊情况的违建，还需向其他主管部门征询是否予以留用的处理意见。

3. 核发处理证明阶段：

   • 当事人需办理房屋安全鉴定、消防验收或备案手续，并依法提交承诺书。
   • 经区政府审议通过后，当事人缴纳地价、罚款等费用。
   • 区城管和综合执法局依法核发《深圳市农村城市化历史遗留违法建筑处理证明书》，当事人可凭此证明书及相关材料向不动产登记机构办理登记。

三、处置模式（以烟台市为例）

对于历史遗留问题的违建，除了上述的处理程序外，还可以根据具体情况采取不同的处置模式：

1. 续建重建：对符合现行规划且质量安全满足要求的违建，可依法按程序办理开工手续后开工建设；对不符合要求的，可进行拆除重建。

2. 引导盘活：对原项目建设单位因资金短缺或涉法涉诉无法继续建设的，可通过债务重组、破产清算或引入参、联建方合作开发等方式盘活项目。

3. 置换土地：对已缴清土地价款、落实项目资金，且因规划依法修改造成闲置的违建，可置换其它价值相当、用途相同的国有建设用地进行开发建设。

4. 依法收回：对未履行土地出让文件或出让合同约定的违建，可依法收回土地使用权，纳入政府土地储备。

四、考虑因素与建议

1. 政策依据：处理历史遗留问题的违建，必须严格依据相关法律法规和政策文件进行，确保处理的合法性和合规性。

2. 多方协调：由于历史遗留问题的违建往往涉及多个部门和多方利益，因此需要加强部门间的协调配合，形成工作合力。

3. 公开透明：在处理过程中，应坚持公开透明的原则，及时公示处理进展和结果，接受社会监督。

4. 灵活处理：在坚持原则的同时，也应根据具体情况灵活处理，兼顾各方利益，确保处理结果的合理性和可接受性。

5. 后续监管：对于处理后的违建，应加强后续监管，防止再次出现违建行为，确保城市规划的严肃性和公共利益的保障。

综上所述，历史遗留问题的违建处理需要综合考虑多方面因素，制定科学合理的处理方案，并加强部门间的协调配合和后续监管，以确保处理结果的合法性和有效性。如果您有具体的违建情况或处理需求，建议咨询当地相关部门或专业律师以获取更详细的指导和帮助。