员工在特定情况下确实有权拒绝综合计算工时工作制，这一权利主要基于协商一致原则和保障劳动者权益原则。以下是对这一问题的详细分析：
协商一致原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条，企业因生产特点不能实行标准工时制度的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，如综合计算工时工作制。但这一变更必须基于用人单位与劳动者的协商一致。因此，如果员工不同意实施综合计算工时工作制，用人单位不能单方面强制实行。
保障劳动者权益原则：
- 劳动法旨在保护劳动者的合法权益，包括合理的休息时间和劳动报酬。如果综合计算工时工作制的实施可能侵犯劳动者的休息权或健康权，劳动者有权基于自身权益的考虑拒绝此制度。例如，如果用人单位在实行综合计算工时工作制时，未合理安排劳动者的工作和休息时间，导致劳动者长时间连续工作，那么劳动者有权拒绝并寻求法律保护。
在实际操作中，员工拒绝综合计算工时工作制的途径和考虑因素包括：
协商与沟通：
- 员工对综合计算工时工作制持有异议时，应首先与雇主进行有效沟通，尝试寻求双方都能接受的解决方案。这可能包括调整工作时间、增加休息时间或提供相应的加班补偿等。
法律途径：
- 若协商无果，员工有权向劳动仲裁机构申诉，以解决争议。在申诉过程中，员工应提供充分证据支持自己的立场，如工作记录、加班记录、健康检查报告等。
- 在某些情况下，如果雇主未经协商擅自实行综合计算工时工作制，此行为可能构成违法。员工不仅有权拒绝签署相关协议，还可能要求获得相应的赔偿，如加班费、经济补偿金等。
特殊情况下的加班规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，需与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过一小时；特殊原因下延长工作时间每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。这一规定同样适用于综合计算工时工作制下的加班情况。
- 在紧急情况下（如自然灾害、事故等），用人单位虽可直接决定延长工作时间，但仍需确保劳动者的身体健康和休息休假权利。如果因此导致劳动者权益受损，劳动者仍有权拒绝并寻求法律保护。
实际应用中的考虑：
合法合理的情况：
- 在某些特殊行业和工作岗位中，由于生产经营的特殊性，确实需要实行综合计算工时工作制，并且该制度已经过劳动行政部门的批准。同时，用人单位能够合理安排劳动者的工作和休息时间，确保劳动者的权益不受侵害。在这种情况下，员工可能需要配合企业实行综合计算工时工作制。
不合理或侵害权益的情况：
- 如果用人单位未经批准擅自实行综合计算工时工作制，或在实行过程中存在不合理安排工作时间、不支付相应加班工资等侵害劳动者权益的情况，员工可以明确拒绝，并通过法律途径维护自己的合法权益。
总结与建议：
员工在面对综合计算工时工作制时，应首先了解自己的权利和义务，以及该制度的具体内容和实施方式。如果对该制度持有异议或认为其侵害了自己的合法权益，应积极与雇主沟通协商，寻求解决方案。如果协商无果，可以通过法律途径维护自己的权益。作为劳动者，了解并维护自己的合法权益是非常重要的。如果你有任何关于劳动仲裁或刑事辩护方面的问题，都可以直接向我咨询。