关于病假扣全勤奖是否合法的问题，结论前置如下：
- 若用人单位规章制度或劳动合同中有明确规定，且规定合理合法，员工知晓并同意，则病假扣全勤奖是合法的。
- 若规章制度或劳动合同中无明确规定，或规定不合理不合法，则病假扣全勤奖是不合法的。
详细分析如下：
一、规章制度或劳动合同中有明确规定的情况
合法性条件：
- 规章制度或劳动合同中需明确规定全勤奖的评定条件和扣发条件，例如明确将请病假列为不享受全勤奖的情形之一。
- 规章制度的制定需经过民主程序，如经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并已向劳动者公示或告知。
- 员工入职时已知晓并同意这些规定。
合理性要求：
- 规定需合理，不能显失公平。例如，规定只要请一天病假就扣发全额全勤奖，且全勤奖金额占工资比例过高，这种规定可能被认定为不合理，从而无效。
实例说明：
- 某公司规定“当月无迟到、早退、旷工、请假记录者，可获得全勤奖”，员工请病假后公司依据该规定扣发全勤奖，此行为在法律上通常被认可。
二、规章制度或劳动合同中无明确规定的情况
不合法性：
- 如果劳动合同和单位规章制度中都没有关于请病假扣全勤奖的明确规定，那么用人单位不能擅自以员工请病假为由扣发全勤奖。
- 在这种情况下，扣发全勤奖的行为缺乏法律依据，可能侵害员工获得劳动报酬的权益。
员工权益保护：
- 员工应首先查阅所在单位的规章制度或劳动合同，了解关于病假和全勤奖的具体规定。
- 若规章制度或劳动合同中有明确规定，则按规定执行；若无明确规定，可与用人单位沟通协商，争取公平合理的处理结果。
- 在处理过程中，员工应保留好相关证据，如病假证明、规章制度、劳动合同等，以备不时之需。
三、病假工资与全勤奖的关系
- 病假工资支付义务：
- 即便用人单位可以因员工请病假扣除全勤奖，但在员工病假期间，仍应按照法律规定支付病假工资。
- 根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》，职工患病或非因工负伤治疗期间，企业应按有关规定支付病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。
实际操作建议：
- 作为员工，应了解并熟悉公司的规章制度，特别是关于病假和全勤奖的规定。
- 如果认为自己的权益被侵犯，可以与用人单位沟通协商，要求补偿。
- 若沟通无果，可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结：
病假是否扣除全勤奖需根据用人单位的规章制度或劳动合同中的具体规定来确定。在无明确规定的情况下，从公平合理角度出发，通常不扣除全勤奖较为合理。同时，无论是否扣除全勤奖，用人单位都应依法支付病假工资。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。