工厂加班超过12小时，在未经特定程序和批准的情况下，是违法的。以下是从不同角度的详细分析：

法律规定

根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定：

1. 正常工作时间：国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。

2. 加班时长限制：

   • 用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后，可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时。
   • 在特殊原因下，且需保障劳动者身体健康的条件下，延长工作时间每日也不得超过三小时，并且每月累计不得超过三十六小时。

违法情形

如果工厂长时间安排员工每日工作超过十二小时，这明显超出了法律规定的正常工作时间和加班时长限制，构成了对劳动者合法权益的侵害。

法律后果

1. 行政处罚：根据《劳动保障监察条例》，劳动保障行政部门将对违法工厂给予警告，责令限期改正，并可能按受侵害的劳动者每人100元以上500元以下的标准处以罚款。

2. 劳动者权益保护：

   • 劳动者有权拒绝过度加班，并可通过与工厂协商、申请劳动仲裁或向劳动监察部门投诉等途径维护自身权益。
   • 工厂应支付劳动者相应的加班工资，具体标准如下：
     • 安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
     • 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
     • 法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

特殊情况

虽然《中华人民共和国劳动法》第四十二条规定了某些特殊情形下延长工作时间不受上述限制，如发生自然灾害、事故等紧急情况，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的；或者生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的等。但这些特殊情况并不包括工厂日常的生产经营需要，且必须确保劳动者的权益得到充分保障。

建议

1. 工厂方面：应严格遵守国家关于加班时间的规定，合理安排生产和工作时间，避免过度加班，以维护良好的劳动关系和企业形象。

2. 劳动者方面：在面对工厂违法安排加班时，应勇敢站出来，通过法律途径维护自己的合法权益。如有需要，可以直接向我咨询相关法律问题。

综上所述，工厂加班超过12小时，在未经特定程序和批准的情况下，是违法的。劳动者有权要求工厂改正违法行为，并支付相应的加班工资及经济补偿。