迟到扣绩效工资是否合法，并非一概而论，而是取决于多个因素，主要包括用人单位的规章制度是否合法、劳动合同中是否有明确约定，以及扣减的幅度是否合理。以下是对这些因素的详细分析：

一、用人单位的规章制度

1. 规章制度需合法有效：

   • 用人单位依法制定的规章制度中，必须明确将迟到行为与绩效工资挂钩，并详细规定扣减办法。
   • 该规章制度需通过民主程序制定，如经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并已向劳动者公示或告知。
   • 示例：公司规定每月迟到3次以内扣绩效分5分，3次以上每次扣10分，且该规定已按上述程序制定并公示，则此规定有效。

2. 规章制度不合法的情况：

   • 若用人单位的规章制度未经民主程序制定，或未向劳动者公示告知，则该规章制度对劳动者不具有约束力。
   • 示例：公司新出台迟到扣绩效工资的规定，但未经过职工大会讨论或公示，则此规定无效。

二、劳动合同的约定

1. 劳动合同需有相关约定：

   • 劳动合同中应包含关于迟到与绩效工资关系的明确条款。
   • 该条款不得违反法律法规的强制性规定。
   • 示例：劳动合同中写明“若劳动者每月迟到累计达到X次，用人单位有权按照一定比例扣减绩效工资”，且该约定合法有效。

2. 无相关约定或规定的情况：

   • 如果规章制度或劳动合同中未明确规定迟到可以扣绩效工资，则用人单位不得随意扣除。

三、扣减幅度的合理性

1. 扣减幅度需合理：

   • 即使规章制度或劳动合同中有相关规定，扣减绩效工资的幅度也必须合理，不得损害劳动者的基本权益。
   • 扣除的部分通常不得超过劳动者当月工资的20%（具体比例可能因地区而异，需参照当地劳动法规），且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
   • 示例：若员工当月工资为5000元，迟到一次扣减绩效工资不得超过1000元（即20%），且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。

2. 扣除幅度不合理的情况：

   • 如果扣减幅度明显不合理，如迟到一次就扣掉当月一半绩效工资，这种过度的扣减可能被认定为不合法。

四、员工权益保护

• 如果劳动者认为用人单位扣绩效工资的行为不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣工资的依据和合理性。
• 协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总结来说，迟到扣绩效工资的合法性需综合考虑用人单位的规章制度、劳动合同的约定以及扣减的合理性。用人单位在制定相关规章制度时，必须确保内容合法、程序正当，并充分尊重员工的合法权益。同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，在必要时依法维护自己的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。