结论前置：员工直接离职时，公司一般情况下不得随意克扣工资。但若员工的离职行为给公司造成了实际经济损失，且公司能提供充分证据，则有权在法定范围内从员工工资中扣除赔偿金，具体扣除金额需根据实际情况确定。
一、公司是否可以扣工资
一般情况：
- 工资是劳动者提供劳动的对价，只要劳动者付出了劳动，就有权获得相应的劳动报酬。因此，公司不得因员工直接离职（即未按劳动合同约定的离职程序）而随意扣减工资。
特殊情况：
- 如果员工的直接离职行为给公司造成了实际经济损失，并且公司能够提供充分的证据证明损失的存在及具体数额，那么公司有权要求员工赔偿经济损失。此时，公司可以从员工的工资中扣除赔偿金，但扣除的金额应与实际损失相匹配，并需遵循法律限制。
二、公司能扣多少工资
扣除限制：
- 如果公司决定从员工的工资中扣除赔偿金，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。这是为了保护劳动者的基本生活权益，确保他们不会因为过高的赔偿而陷入经济困境。
- 计算公式：每月最多扣除金额 = 当月工资 × 20%
- 举例：假设员工小李的月工资为5000元，因其突然离职给公司造成了损失，且公司与小李的劳动合同中有相关赔偿约定。那么，公司每月最多可从他的工资中扣除1000元（5000元的20%）。
最低工资保障：
- 若扣除赔偿金后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，公司应按最低工资标准支付员工工资。这一规定确保了劳动者即使面临赔偿，也能维持基本的生活水平。
- 举例：继续以小李为例，假设当地月最低工资标准为2000元。如果公司扣除1000元赔偿金后，小李的剩余工资为4000元，高于最低工资标准，则公司按实际剩余工资支付；但如果扣除后剩余工资低于2000元，公司则应按2000元支付。
三、员工与公司双方的建议与注意事项
对于员工：
- 如果确实需要离职，建议提前与公司沟通，并按照法定程序或公司规定的流程办理离职手续，以减少不必要的纠纷。
- 若遭遇公司无故克扣工资的情况，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
对于公司：
- 应建立健全的规章制度，明确告知员工相关离职流程及可能产生的后果，确保员工在入职时就对相关规定有所了解。
- 在处理员工离职问题时，应遵循法律法规的规定，确保行为的合法性，避免因为不当操作而引发法律纠纷。
- 当员工的离职行为给公司造成损失时，公司应承担损失的举证责任，并确保赔偿金额的合理性及合法性。
四、特殊情况下的工资扣除
- 用人单位存在过错：若用人单位未按照劳动合同约定提供劳动保护或劳动条件、未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等，劳动者有权即时解除劳动合同，且用人单位不得因此扣除劳动者工资，还可能需要支付经济补偿。
- 试用期内提前通知：劳动者在试用期内，只需提前三日通知用人单位，即可解除劳动合同。若劳动者履行了这一通知义务后离职，用人单位不应扣除其工资。
- 符合法定程序离职：根据《劳动合同法》的规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。若劳动者按照这一规定提前通知了用人单位并期满后离职，用人单位同样无权扣除其工资。
综上所述，员工直接离职时公司能否扣工资以及能扣多少工资，取决于具体情况及法律规定。双方在处理离职问题时，都应遵循法律法规，确保行为的合法性和正当性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。