对于超过诉讼时效后起诉的案件，法院的处理方式是一个综合考量多种因素的过程，它不仅仅关注诉讼时效本身，还会结合案件的具体情况、法律程序阶段以及当事人的抗辩来作出相应裁判。以下是对这一问题的详细解答：
一、法院处理原则与流程
受理阶段
- 应予受理：即便案件已经超过了诉讼时效，只要它符合立案的基本条件，法院仍然会受理该案件。诉讼时效并不是决定案件是否受理的先决条件，而是影响案件胜诉权的一个因素。
- 提示风险：在受理案件后，法院可能会向当事人提示关于诉讼时效的风险，让当事人了解可能面临的法律后果，以便其做出合理的决策。
审理阶段
- 主动审查与释明：
- 一般不主动审查：根据相关法律规定，除非案件涉及国家利益、社会公共利益等特定情形，否则法院通常不会主动审查诉讼时效问题。
- 特殊情况审查：在特定案件中，如涉及公共利益，法院可能会主动对诉讼时效进行审查。
- 当事人提出抗辩时的处理：
- 审查抗辩：如果被告提出了诉讼时效的抗辩，法院会仔细审查其提供的证据和事实认定，以及适用的法律判断。
- 抗辩成立：若抗辩成立，即原告的起诉确实已经超过了诉讼时效且没有正当理由，法院将判决驳回原告的诉讼请求。
- 抗辩不成立：若抗辩不成立，比如存在诉讼时效中断、中止的事由，或者被告的抗辩缺乏足够的证据支持，法院将继续正常审理案件并作出裁判。
特殊情形的考量
- 自愿履行：如果义务人自愿履行了义务，之后不得再以诉讼时效届满为由进行抗辩，已经履行的部分也不得请求返还。
- 新证据或新事实：如果当事人提出了新的证据或事实，这些证据或事实足以影响诉讼时效的认定，法院可以重新进行审查和认定。
二、特殊情况不受诉讼时效限制
值得注意的是，某些类型的案件并不受诉讼时效的限制。例如，请求停止侵害、排除妨碍、消除危险的案件，不动产物权和登记的动产物权权利人请求返还财产的案件，以及请求支付抚养费、赡养费或扶养费的案件等。这些案件的诉讼请求即使超过了诉讼时效，仍然可能得到法院的支持。
三、当事人应对策略
对于原告（债权人）
- 尝试恢复诉讼时效：仔细审查在诉讼时效期间内是否存在导致诉讼时效中断或中止的法定事由，如向债务人主张权利、债务人同意履行义务等，并收集相关证据。
- 友好协商：与债务人进行友好沟通，尝试达成新的还款协议或让债务人出具书面还款计划，以使诉讼时效重新起算。
- 非诉讼解决途径：考虑通过第三方调解等非诉讼方式解决纠纷，以降低时间和经济成本。
对于被告（债务人）
- 谨慎行使时效抗辩权：从商业信誉和长远合作角度考虑，谨慎决定是否行使时效抗辩权。
- 利用时效优势谈判：若决定行使时效抗辩权，可以将其作为谈判筹码，与债权人协商更有利的偿还条件。
四、总结与建议
在处理超过诉讼时效的案件时，当事人应充分了解诉讼时效的规定及其例外情况，根据案件的具体情况和自身需求制定合理的应对策略。同时，法院也将根据法律规定和案件实际情况进行审查和处理，确保公正、合法地解决纠纷。如果面临此类情况，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。