在二审中撤回起诉，将导致一审判决生效（若上诉期已过），诉讼程序终结，且原审原告通常不得就同一争议再次起诉。同时，撤诉可能影响当事人的实体权利，并涉及诉讼费用的承担。以下是对此问题的详细分析：
一、对诉讼程序的影响
二审程序终止：
- 上诉人撤回上诉后，二审法院将不再对案件进行审理，诉讼程序因此终结。这意味着二审法院不会继续对一审裁判的正确性进行审查和评判，案件将不再进入二审的实体审理阶段。
一审裁判生效：
- 若在上诉期内撤回上诉，且各方当事人均未再上诉，一审判决或裁定在上诉期满后即发生法律效力。
- 若在二审审理过程中撤回上诉，一审裁判自二审法院准许撤诉的裁定书送达各方当事人之日起生效。生效的一审裁判具有强制执行力，当事人应当履行裁判确定的义务。
二、对当事人诉讼权利的影响
丧失再次起诉权利：
- 根据“一事不再理”原则，二审撤回起诉后，原审原告一般不得就同一事实和理由再次起诉，以维护司法秩序的稳定性和严肃性。这是为了防止当事人滥用诉讼权利，重复起诉，浪费司法资源。
- 例外情况下，如有新证据足以推翻原判决或其他法定特殊情形，当事人可能获得再次起诉的机会，但需经法院严格审查。
上诉权的丧失：
- 撤回起诉意味着放弃通过二审程序寻求上级法院对一审判决进行审查和纠正的权利。上诉人将无法再通过二审程序来改变一审的不利裁判结果。
撤诉的程序要求：
- 原告需向第二审人民法院提出撤诉申请，法院将依法审查，并以裁定形式告知是否准许撤诉。这一程序要求确保了撤诉的合法性和正当性，防止当事人随意撤诉。
三、对实体权利的影响
权利可能受到限制：
- 由于一审判决生效，当事人可能受到不利的实体权利影响，如需按照判决履行赔偿等义务。如果一审判决对当事人不利，且二审撤诉后该判决生效，那么当事人将必须履行判决确定的义务，否则可能面临强制执行等法律后果。
权利义务恢复的例外：
- 原审原告撤回起诉后，双方的权利义务关系原则上恢复到起诉前的状态，但受一审判决生效的限制。这意味着，如果一审判决已经对当事人的权利义务关系作出了确定，那么即使原告撤回起诉，该判决仍然具有法律效力，当事人的权利义务关系不能完全恢复到起诉前的状态。
四、对司法资源和司法秩序的影响
节约司法资源：
- 合理撤诉可避免二审程序的继续进行，节约司法资源，提高司法效率。如果当事人认为二审继续审理没有意义或者出于其他合理考虑而选择撤诉，那么这可以避免不必要的司法资源浪费，使法院能够更专注于处理其他案件。
扰乱司法秩序的风险：
- 滥用撤诉权利可能扰乱正常的司法秩序，增加法院工作负担，影响司法公信力。如果当事人随意撤诉或者恶意撤诉，那么这可能会干扰法院的正常审理工作，浪费司法资源，甚至可能损害其他当事人的合法权益。
五、诉讼费用承担
- 原审原告撤回起诉后，通常需要自行承担已经发生的诉讼费用。法院可能会根据案件的具体情况，决定是否减半收取诉讼费用。这是为了合理分配诉讼成本，并在一定程度上惩罚随意启动上诉程序又撤诉的行为。
综合建议
在二审中撤回起诉是一个需要慎重考虑的决定。当事人应充分了解撤诉的法律后果，包括一审判决的生效、诉讼权利的丧失、实体权利的影响以及诉讼费用的承担等。在做出决定前，建议仔细评估案件情况、一审判决结果以及自身权益等因素。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。