结论：公司对员工吸烟罚款1000元是否违反劳动法，需根据具体情况判断，一般情况下，若公司无合法规章制度依据，则可能违法。以下从不同角度详细分析：

一、公司罚款的合法性基础

1. 规章制度依据：

   • 根据《劳动合同法》第四条，公司制定涉及员工切身利益的规章制度（如奖惩制度）时，需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并公示或告知员工。
   • 若公司未履行上述程序，或规章制度内容违法（如罚款金额过高、罚款事由不合理），则罚款行为可能被认定为违法。

2. 罚款权限限制：

   • 劳动法未明确赋予公司罚款权，但部分地方性法规（如《广东省劳动保障监察条例》）允许公司对员工违纪行为进行经济处罚，但需符合“罚款金额不超过月工资20%”等限制。
   • 若公司所在地无此类规定，或罚款金额超出限制，则罚款行为可能违法。

二、吸烟罚款的具体分析

1. 合法情形：

   • 若公司规章制度明确规定“禁止在工作场所吸烟，违者罚款1000元”，且该制度经民主程序制定、公示或告知员工，且罚款金额符合地方性法规限制（如有），则罚款行为可能合法。
   • 但需注意，即使合法，罚款金额也应合理，避免被认定为“克扣工资”或“变相体罚”。

2. 违法情形：

   • 若公司无合法规章制度依据，或规章制度未履行民主程序、未公示或告知员工，则罚款行为违法。
   • 若罚款金额过高（如超过月工资20%），或罚款事由不合理（如员工在非工作场所吸烟），则罚款行为可能违法。
   • 若公司以罚款为由克扣员工工资，或罚款后未出具书面处罚决定，则可能涉嫌违法。

三、员工应对建议

1. 核实规章制度：

   • 员工可要求公司出示相关规章制度，核实罚款是否有依据、程序是否合法。

2. 协商或投诉：

   • 若认为罚款违法，员工可先与公司协商，要求撤销罚款或退还罚款。
   • 若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁维护权益。

3. 保留证据：

   • 员工应保留罚款通知、工资条、规章制度等证据，以便维权时使用。

四、公司合规建议

1. 完善规章制度：

   • 公司应制定合法、合理的奖惩制度，明确罚款事由、金额及程序，并履行民主程序、公示或告知员工。

2. 避免过度罚款：

   • 罚款金额应合理，避免被认定为“克扣工资”或“变相体罚”。

3. 出具书面处罚决定：

   • 罚款后应出具书面处罚决定，明确罚款事由、金额及依据，以便员工核对及维权。

总结：公司对员工吸烟罚款1000元是否违法，需根据规章制度是否合法、罚款金额是否合理等因素综合判断。员工若认为罚款违法，可协商、投诉或申请劳动仲裁；公司应完善规章制度，避免过度罚款及程序违法。如有具体法律问题，可直接向我咨询。