当工厂破产倒闭时，员工的赔偿问题是一个涉及法律权益的重要环节，主要依据《中华人民共和国企业破产法》及相关法律法规来处理。以下是对这一问题的详细解答：

一、赔偿主体与范围

赔偿主体：赔偿主体为破产企业本身，即工厂作为用人单位，在破产清算过程中需依法对员工进行经济补偿。

赔偿范围：

1. 经济补偿金：根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。若劳动者月工资高于当地职工月平均工资三倍，则按三倍数额支付，且补偿年限最高不超过十二年。

2. 欠薪清偿：破产财产优先用于清偿所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用等。

3. 社保与公积金补缴：企业需为员工补缴未缴纳的社保和住房公积金至劳动关系解除之日。

4. 其他法定补偿：包括应划入个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定的其他补偿项目。

二、赔偿程序

1. 债权申报：

   • 管理人（如清算组）成立后，会通知债权人（包括员工）申报债权。
   • 员工需在规定时间内（通常为公告之日起30日至3个月）向管理人提交相关证明材料，如劳动合同、工资单、社保缴纳记录等，以申报工资、补偿金等债权。

2. 债权审核与确认：

   • 管理人对申报的债权进行审核，编制债权表并提交债权人会议核查。
   • 员工对债权表记载的债权有异议的，可要求管理人更正或向法院提起诉讼。

3. 资产变现与分配：

   • 破产财产变现后，按照法定顺序进行分配。员工债权通常属于优先受偿范畴，将优先于普通债权获得清偿。
   • 管理人按法定顺序制定分配方案，经债权人会议表决通过后执行。员工可通过银行转账等方式领取赔偿款。

三、特殊情况处理

1. 未足额缴纳社会保险：员工可向社保机构申请补缴或要求企业赔偿损失。

2. 拖欠工资争议：若对工资金额存在分歧，员工可申请劳动仲裁解决。劳动仲裁是解决劳动争议的一种有效方式，其裁决具有法律效力。

3. 工伤赔偿：工伤员工除经济补偿外，还可主张医疗费、伤残补助金等工伤保险待遇。这些待遇的支付标准和程序需依据相关法律法规和工伤保险政策来确定。

4. 非全日制用工与劳务派遣员工：

   • 非全日制用工双方可随时终止合同，用人单位不支付经济补偿，但需结清劳动报酬。
   • 用工单位退回被派遣劳动者后，由劳务派遣单位依法支付经济补偿。若劳务派遣单位破产，其法律责任由出资人或主管部门承担。

四、建议与注意事项

1. 及时申报债权：员工应在规定时间内向管理人申报债权，并提交完整的证明材料，以确保自己的权益得到保障。

2. 关注分配方案：员工应关注管理人制定的分配方案，了解自己的债权在分配中的顺序和比例。

3. 维护自身权益：若对赔偿金额或程序存在异议，员工应及时通过劳动仲裁或诉讼途径维权。同时，要注意仲裁时效为一年，从知道或应当知道权利被侵害之日起计算。

总之，工厂破产倒闭时，员工的赔偿问题是一个复杂而重要的环节。员工应了解自己的权益和赔偿标准，及时申报债权并关注分配方案，以维护自己的合法权益。