委托收款三方协议在税务上是得到认可的，但前提是该协议必须满足一定的法律和税务要求，以确保其合法性和税务处理的合规性。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与税务认可性
委托收款三方协议，作为一种合同安排，其法律基础主要来源于《中华人民共和国民法典》中关于合同履行的相关规定。根据这些规定，当事人可以约定由第三人向债权人履行债务，这种安排在民法上被称为第三人代位履行。在税务领域，只要这种协议能够真实反映交易关系，且符合税收法规的要求，税务部门通常会予以认可。
二、税务处理的关键要点
发票开具与流向：
- 税务部门非常关注发票的真实性和与交易、资金流向的匹配性。在委托收款三方协议中，发票应由实际提供商品或服务的一方开具给实际购买方，确保发票流与业务流一致，从而避免虚开发票的风险。
纳税义务明确：
- 委托收款行为不应改变纳税义务的归属。无论款项如何流转，相关的纳税义务，如增值税、企业所得税等，仍应由实际发生应税行为的主体承担。销售方需按规定申报缴纳增值税，不受委托收款行为的影响。
企业所得税处理：
- 对于企业所得税而言，第三方收款不改变企业的应纳税所得额。企业应按照实际收到的款项确认收入，并据此计算应纳税所得额和缴纳企业所得税。
三、确保税务合规的建议
明确协议内容：
- 委托收款三方协议应详细、明确地界定各方（付款方、收款方、受托收款方）的权利和义务，特别是关于税务方面的责任划分，如发票开具、纳税申报等。
保留相关凭证：
- 为了证明交易的真实性和合规性，各方应妥善保管与委托收款相关的所有凭证和记录，包括合同文本、转账记录、发票等。这些材料在税务检查时将起到关键作用。
及时沟通税务问题：
- 在执行过程中遇到任何税务问题或疑问时，应及时与税务部门沟通并寻求专业指导。这有助于确保协议的税务处理符合法规要求，避免潜在的税务风险。
风险防范措施：
- 在合同中明确约定第三方收款的相关条款，确保条款的合法性和有效性。同时，当债权单位要求将款项支付给第三方时，应要求其提供相应的书面委托书或通知，明确委托关系，以降低法律纠纷和税务风险。
综上所述，委托收款三方协议在税务上是得到认可的，但企业在实际操作中需严格遵守相关法律法规和税务规定，确保协议的合法性、真实性和有效性。通过明确的协议内容、完善的证明材料和风险防范措施，企业可以降低潜在的税务风险和法律纠纷，确保税务处理的合规性。