结论前置：公司在存在劳动仲裁的情况下，一般不可以直接申请注销，但理论上可以依法启动注销程序，不过需谨慎处理以确保劳动者权益不受损害，并避免后续法律风险。以下从不同角度详细分析：

一、公司注销的法定条件与程序

根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》及《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司申请注销登记前，必须依法进行清算。清算过程包括清理公司财产、编制资产负债表和财产清单、通知并公告债权人、处理未了结的业务、清缴税款以及清理债权债务等。这一系列程序旨在确保公司在注销前能够妥善解决所有债务问题，保护债权人的合法权益。

二、劳动仲裁对公司注销的影响

1. 债务未了结：在劳动仲裁阶段，公司与员工之间关于工资、经济补偿等劳动权益的纠纷尚未解决，这意味着公司的债务并未完全清理。按照法律规定，公司应当在清算过程中对该劳动争议涉及的债务进行妥善处理。若未解决即尝试注销，将不符合合法的注销流程，市场监督管理部门在审查时通常会拒绝此类注销申请。

2. 实际操作限制：市场监督管理部门在办理公司注销登记时，会严格审查公司提交的清算报告等文件，以确认公司的债权债务是否已清理完毕。如果存在未解决的劳动仲裁，说明公司的债务纠纷尚未了结，这通常不符合注销登记的条件。

三、公司注销的风险与法律后果

1. 损害债权人利益：若公司在劳动仲裁未解决时强行注销，可能被认定为恶意逃避债务，严重损害员工的合法权益。根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。

2. 劳动仲裁后续执行问题：如果公司在劳动仲裁期间注销，而仲裁结果尚未作出或未执行完毕，员工可以将公司的股东、发起人或者出资人列为被申请人继续进行仲裁或诉讼。若仲裁裁决或法院判决员工胜诉，在执行阶段，由于公司主体已不存在，员工可以直接要求上述责任主体履行裁决或判决确定的义务。

四、特殊情况下的处理建议

如果公司确实因为特殊原因需要注销，例如破产清算等法定事由，应在清算过程中对劳动争议等债务问题作出妥善安排。具体建议如下：

1. 成立清算组：清算组应负责清理公司财产、编制资产负债表和财产清单，并通知债权人申报债权，包括劳动仲裁涉及的员工权益等债权。

2. 制定清算方案：清算方案应报股东会、股东大会或者人民法院确认，并确保劳动争议等债务问题得到妥善处理。例如，可以在清算方案中预留相应的财产份额，以保障劳动者在仲裁结果确定后的权益能够得到实现。

3. 完成清算后注销：在完成清算并清偿所有债务后，依法办理注销登记。

五、劳动者的应对策略

面对公司拖欠工资且试图通过注销来逃避法律责任的情况，员工应及时采取以下措施维护自身权益：

1. 继续推进劳动仲裁：员工应继续通过法律途径推进劳动仲裁进程，等待并依据仲裁结果决定是否进一步提起诉讼。

2. 向劳动监察部门投诉：员工可以向当地的劳动监察部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。

3. 追究相关责任主体：若公司确实存在违法注销行为，员工可依法追究公司股东等相关责任主体的连带责任。

总结与建议：公司在存在劳动仲裁的情况下，一般不可以直接申请注销。如果确实需要注销，应在清算过程中妥善处理劳动争议等债务问题，并确保劳动者的合法权益不受损害。员工在面对公司试图通过注销逃避法律责任的情况时，应及时采取法律措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。