工程保证金的最新规定主要涉及工程农民工工资保证金和建设工程质保金两个方面，以下分别进行详细说明：
一、工程农民工工资保证金
适用范围与存储主体：
- 适用范围：在中华人民共和国境内的工程建设领域，所有施工总承包单位均需按规定存储工资保证金。
- 存储主体：工资保证金按工程建设项目存储，存储主体为施工总承包单位。
存储比例与差异化存储：
- 一般情况：工资保证金存储比例原则上不低于工程施工合同额（或年度合同额）的1%，不超过3%。
- 差异化存储：
- 多个在建工程：在同一工资保证金管理地区有多个在建工程的施工总承包单位，存储比例可适当下浮，但不得低于0.5%。
- 无拖欠记录：连续2年未发生工资拖欠的，新增工程降低存储比例，降幅不低于50%；连续3年无拖欠且落实相关制度的，新增工程可免存。
- 发生拖欠：自解除拖欠之日起1年内，存储比例提高至不低于3%。
存储方式与动用条件：
- 存储方式：施工总承包单位可选择以银行保函、工程担保公司保函或工程保证保险等方式替代现金存储，保函担保金额不得低于规定数额。
- 动用情形：若工程项目发生拖欠农民工工资，且经人力资源社会保障行政部门责令限期清偿或先行清偿后，施工总承包单位拒不履行，属地人社部门可向经办银行出具支付通知书，由银行支付拖欠工资。
补足与返还：
- 补足：工资保证金动用后，施工总承包单位需在10个工作日内补足。逾期不补足的，将按拖欠农民工工资的有关规定处理。
- 返还：工程完工且无拖欠工资情形的，施工总承包单位公示30日后可申请返还。人社部门审核完毕后，银行应在5个工作日内返还本金和利息。
二、建设工程质保金
质保金预留比例及目的：
- 预留比例：根据《建设工程质量保证金管理办法》，发包人应按照合同约定方式预留保证金，且保证金总预留比例不得高于工程价款结算总额的3%。若合同约定由承包人以银行保函替代预留保证金，则保函金额同样不得高于工程价款结算总额的3%。
- 目的：工程质保金是为保证工程质量而预留的一部分资金，用于在工程交付后的一定时间内（即缺陷责任期）应对可能出现的质量问题。
缺陷责任期：
- 期限：缺陷责任期一般为1年，最长不超过2年，具体由发、承包双方在合同中约定。此期间从工程通过竣工验收之日起计算。若因承包人原因导致工程无法按规定期限进行竣工验收，则缺陷责任期从实际通过竣工验收之日起计；若因发包人原因，则在承包人提交竣工验收报告90天后，工程自动进入缺陷责任期。
质保金的返还：
- 条件与流程：在缺陷责任期内，若承包人认真履行合同约定的责任，且工程未出现质量问题或承包人已按约履行保修义务，则到期后承包人可向发包人申请返还保证金。发包人在接到申请后，应于14天内会同承包人核实，如无异议，应按时返还保证金。对返还期限没有约定或约定不明确的，发包人也应在核实后14天内返还，逾期未返还将依法承担违约责任。
质保金的使用：
- 维修与费用承担：缺陷责任期内，若工程出现由承包人原因造成的缺陷，承包人应负责维修并承担相关鉴定及维修费用。若承包人不履行维修义务也不承担费用，发包人有权从保证金或银行保函中扣除相应费用。若费用超出保证金额，发包人可按合同约定向承包人索赔。同时，承包人维修并承担费用后，并不免除其对工程损失赔偿责任。
- 非承包人原因：若缺陷是由他人原因造成，则发包人负责组织维修，承包人不承担费用，且发包人不得从保证金中扣除任何费用。
总结与建议：
工程保证金制度是保障工程质量和农民工权益的重要措施之一。施工单位应严格遵守相关规定，加强内部管理，确保按时足额支付农民工工资，并保证工程质量。同时，政府相关部门也应加强监管力度，完善制度设计，确保制度的有效实施和各方合法权益得到充分保护。在实际操作中，建议施工单位密切关注当地政策变化，及时调整存储策略和管理措施以适应新要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。