结论前置：员工旷工一天扣三天工资的做法，在大多数情况下是不合法的。以下从法律依据、合理性分析以及企业和员工应对措施三个维度进行详细说明：
法律依据与合法性判断
《劳动法》与《劳动合同法》的规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条也明确，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 这两部法律均未赋予用人单位对员工进行罚款的权利，而是强调了工资的按时足额支付。
《工资支付暂行规定》的解读：
- 《工资支付暂行规定》第十六条指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且扣除部分不得超过月工资的20%，并需保障剩余工资不低于当地最低工资标准。
- 旷工一天并不直接等同于给用人单位造成了经济损失，因此直接扣三天工资缺乏明确的法律依据。
合理性分析
违反比例原则：
- 旷工一天仅代表劳动者当天未提供劳动，用人单位有权不支付当天的工资作为对缺勤行为的回应。但额外扣除两天工资则构成了超出合理范围的惩罚，违反了比例原则。
- 例如，某员工日薪300元，旷工一天被扣900元，这种远超实际损失的处罚既不合理也不公平。
涉嫌变相罚款：
- 根据《行政处罚法》，罚款权专属于行政机关。企业自行设定高额扣款实质构成非法罚款，可能引发劳动纠纷。
损害劳动关系：
- 过度扣款会激化劳资矛盾，降低员工归属感。长期来看，不利于企业的稳定发展和劳动关系的和谐。
企业与员工应对措施
企业的正确处理方式：
- 完善规章制度：通过民主程序制定《员工手册》，明确旷工的认定标准和处分梯度（如首次警告、二次扣发当日工资、三次解除劳动合同）。
- 规范扣款流程：扣款前须履行告知义务，出具书面通知并说明事由。扣款金额不得超过当月工资的20%且不得低于最低工资标准。
- 建立申诉机制：设立劳动争议调解委员会，对扣款异议进行公正裁决，保障员工救济权利。
员工的应对措施：
- 了解自身权益：员工应熟悉《劳动法》、《劳动合同法》等相关法律法规，了解自己的权益和义务。
- 与用人单位协商：面对不合理的克扣工资行为，员工首先应与用人单位协商解决，表达自己的诉求和理由。
- 寻求法律援助：协商不成时，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结与建议：员工旷工一天扣三天工资的做法在法律上通常是不合法的。企业应遵守相关法律法规，制定合理、合法的规章制度，并规范扣款流程。员工也应了解自己的权益和义务，面对不合理的扣款行为时，积极寻求法律援助来维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。