工资超过5000元通过微信发放，这一行为本身并不直接违法，但关键在于是否依法履行了纳税义务以及是否符合工资支付的相关规定。以下从几个方面进行详细分析：

1. 工资支付形式：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。微信作为一种电子支付方式，属于货币支付的一种形式，因此从支付形式上看，通过微信发放工资并不违法。

2. 纳税义务：

   • 无论工资以何种形式发放，劳动者都有义务依法缴纳个人所得税。如果工资超过5000元（即个人所得税的起征点，具体可能根据最新税法有所调整），雇主或劳动者本人应当按照税法规定申报并缴纳个人所得税。
   • 若未依法纳税，则可能构成偷税漏税行为，面临税务机关的处罚，包括补缴税款、滞纳金以及罚款等。

3. 工资支付记录与凭证：

   • 雇主通过微信发放工资时，应当保留完整的支付记录，包括支付时间、金额、收款人等信息，作为工资支付的凭证。
   • 若无法提供完整的支付记录，可能在劳动争议中处于不利地位，因为劳动者有权要求雇主提供工资支付凭证。

4. 实际操作建议：

   • 对于雇主而言，建议通过银行转账等更正式的方式发放工资，并保留好相关的支付记录和凭证，以便在需要时提供证明。
   • 如果确实需要通过微信发放工资，也应当确保依法纳税，并保留好微信支付记录作为凭证。
   • 对于劳动者而言，如果收到通过微信发放的工资，应当确认是否已依法纳税，并保留好相关的支付记录，以维护自己的合法权益。

总结来说，工资超过5000元通过微信发放并不直接违法，但必须确保依法纳税并保留好支付记录作为凭证。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。