员工上班迟到扣工资是否合法，需根据具体情况判断，在符合相关法律法规和规章制度的前提下，合理的扣罚是允许的；反之，则可能构成违法。以下是对此问题的详细分析：
合法扣工资的情形
规章制度明确且合法有效：
- 用人单位应通过民主程序（如职工代表大会或全体职工大会）制定包含迟到扣工资相关内容的规章制度，并确保内容合法合理。规章制度中应明确迟到扣工资的具体标准，如每月迟到累计次数、每次扣除的工资比例等，且这些规定不能明显超出合理范围。
- 用人单位需将规章制度向员工进行公示或告知，确保员工清楚知晓迟到会被扣除工资及具体的扣除标准。例如，通过内部公告、员工手册或电子邮件等方式进行告知。
扣款额度合理：
- 扣罚的金额不能过高，不能使得员工的工资低于当地最低工资标准。根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可从劳动者工资中扣除赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 举例来说，如果员工当月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元，那么用人单位每月最多只能扣除1000元（5000元的20%）作为迟到罚款，且扣除后员工工资不得低于2000元。
符合劳动合同约定：
- 如果在劳动合同中明确约定了迟到扣工资的相关条款，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位按照合同约定对迟到员工扣工资是合法的。
无特殊情况：
- 员工迟到并非因不可抗力等合理原因，而是无故迟到，用人单位在合理范围内扣工资是可以的。例如，员工因个人原因（如睡过头、交通堵塞但可提前预见并采取措施避免等）导致迟到，用人单位可以按照规章制度进行扣罚。
不合法扣工资的情形
缺乏制度依据或未经法定程序制定：
- 用人单位没有制定相关的规章制度，或者规章制度的制定没有经过民主程序，直接对迟到员工扣工资就缺乏合法依据。
扣款额度不合理：
- 扣罚的金额过高，明显超出了合理范围，甚至导致员工的工资低于当地最低工资标准，这种扣工资行为是不合法的。
存在特殊情况：
- 若员工因不可抗力等合理原因导致迟到，如自然灾害、突发疾病等，用人单位仍扣工资则不合理且不合法。例如，员工因突发疾病需要紧急就医而导致迟到，用人单位应予以理解并不予扣罚。
劳动者权益保护
若劳动者认为企业的扣款行为不合法或不合理，可以采取以下措施维护自己的合法权益：
- 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行沟通，要求其按照法律规定和合同约定支付工资。
- 向劳动监察部门投诉：若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：在必要时，劳动者还可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，或向人民法院提起诉讼，请求裁决并拿回自己应得的劳动报酬。
综上所述，员工上班迟到被扣工资的合法性需根据具体情况判断。用人单位应依法制定规章制度并合理行使用工自主权；劳动者也应了解自己的权益并采取合法途径维护自己的利益。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。