员工迟到扣工资在特定条件下是合法的，但并非所有情况下都合法，具体需根据以下条件判断：
合法扣工资的条件
规章制度明确且合法制定：
- 用人单位必须依法建立和完善劳动规章制度，并在其中明确规定迟到的扣工资标准。这一规章制度需经过民主程序制定，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
- 规章制度制定后，应向员工公示或告知，如通过公司公告栏张贴、员工手册发放并要求签字确认等方式，确保员工知晓并同意相关规定。
劳动合同有约定：
- 若劳动合同中明确约定了迟到扣工资的标准，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，则按照约定扣工资也是合法的。
扣除金额合理：
- 扣除的工资部分不能超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。例如，若员工当月工资为5000元，则最多只能扣除1000元作为迟到罚款，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
特殊情况处理：
- 在特殊情况下，如员工因不可抗力（如自然灾害、突发疾病等）或公司安排的事务而迟到，用人单位应合理考虑并不予扣工资。
不合法扣工资的情形
无规章制度依据：
- 如果用人单位没有制定相关的规章制度，或者规章制度中未明确迟到扣工资的规定，则随意扣工资是不合法的。
规章制度制定程序不合法：
- 如果规章制度的制定未经民主程序，或未向劳动者公示，则依据这样的规章制度扣工资也是不合法的。
扣除金额过高或违反最低工资标准：
- 如果扣除的工资超过了劳动者当月工资的20%，或者扣除后的剩余工资低于当地最低工资标准，则这种扣工资行为也是不合法的。
法律依据与维权途径
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第四条规定了用人单位应建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条和第八十五条规定了用人单位在支付劳动报酬方面的义务和法律责任，包括未及时足额支付劳动报酬、低于当地最低工资标准支付工资等情形的处理。
- 《工资支付暂行规定》第十六条也明确规定了因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
维权途径：
- 如果员工认为用人单位的扣工资行为不合法，可以先与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣工资依据。
- 若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工应提供相关证据，如工资条、规章制度、劳动合同等，以证明用人单位的扣工资行为不合法。
总结来说，员工迟到扣工资是否合法取决于用人单位的规章制度是否明确、合法制定以及扣除金额是否合理等因素。员工应了解自己的权益和义务，并在必要时采取合适的法律手段来维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。