员工请假扣工资是否合法，需根据请假的类型、公司规章制度以及相关法律法规的规定来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、事假扣工资
合法性：
- 员工因个人原因请事假时，公司有权按照其规章制度扣工资。这是基于双方劳动合同的约定以及公司内部规章制度的规定，前提是这些规章制度的制定程序合法，内容合理且已明确告知员工。
扣款计算：
- 事假扣款一般按照“月工资÷21.75×请假天数”来计算（21.75为劳动法规定的月计薪天数），即按照请假的时长和日工资标准来扣除相应工资。例如，如果员工月工资为5000元，请了2天事假，那么应扣除的工资为5000÷21.75×2≈459.77元。
二、病假扣工资
合法性：
- 员工因病需要休息或治疗时，公司应遵照相关法律法规的规定，为其核算并发放相应的病假工资或疾病救济费。这部分金额可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
扣款计算：
- 病假工资的计算方式通常为（计算基数÷21.75）×计算系数×病假天数，然后从总工资中扣除。具体计算系数可能因地区和政策而异。例如，在某些地区，病假工资的计算系数可能为80%，即员工月工资为5000元，请了5天病假，那么应支付的病假工资为5000÷21.75×80%×5≈919.54元（这里假设计算基数就是月工资，实际情况可能因公司政策而异）。
三、特殊假期扣工资
对于婚假、产假、陪产假、丧假以及年假等特殊假期，这些假期是法律赋予劳动者的合法权益，公司应按照正常出勤支付工资，不得扣除任何工资。如果公司违反规定扣除工资，员工有权要求公司返还多扣除的工资，并可能获得相应的经济补偿。
四、公司规章制度的影响
- 如果公司依法制定了包含考勤及工资扣除等内容的规章制度，并且该制度已经过民主程序制定、向劳动者公示或告知，那么在劳动者请假的情况下，公司可以按照制度规定扣除相应天数的工资。但扣除的工资数额不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
五、法律后果与维权途径
- 如果公司违反相关法律法规或劳动合同约定克扣员工工资，员工有权要求公司返还多扣除的工资，并可能获得相应的经济补偿。同时，公司还可能面临劳动行政部门的警告、责令改正以及罚款等处罚。
- 如果员工认为公司扣工资的行为不合法，可以先与公司协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结与建议：
员工请假扣工资的合法性取决于请假的类型、公司规章制度以及相关法律法规的规定。在处理此类问题时，建议员工先了解公司的规章制度和相关法律法规，确保自己的权益不受侵害。如果权益受损，应及时通过合法途径维护自己的权益，比如与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。