您好，关于“公司归哪个部门管”的问题，这实际上取决于公司的具体性质、规模以及所处的行业。不过，从一般意义上来说，公司的直接管理或监督部门通常是市场监督管理部门（或工商行政管理部门），它们负责公司的注册登记、变更、注销等事务，并对公司的经营活动进行一定的监管。
具体来说：
市场监督管理部门：这是公司最直接的管理部门，负责公司的注册登记、年检、变更等事务。它们确保公司按照法律法规的要求进行运营，并对公司的注册资本、股东信息、经营范围等进行审核和监管。
行业主管部门：除了市场监督管理部门外，某些特定行业的公司还可能受到行业主管部门的监管。例如，金融行业的公司可能受到银保监会或证监会的监管，医疗行业的公司可能受到卫生健康部门的监管等。
税务部门：公司还需要向税务部门申报纳税，税务部门也会对公司的税务情况进行一定的监管。
其他相关部门：根据公司的具体业务，还可能涉及到其他相关部门的监管，如环保部门、安全生产部门等。
以您提供的《国务院关于实施〈中华人民共和国公司法〉注册资本登记管理制度的规定》为例，这个规定就是由国务院市场监督管理部门制定并实施的，它主要规范了公司的注册资本登记管理，确保公司股东依法履行出资义务，维护市场交易安全。这也进一步说明了市场监督管理部门在公司管理中的重要角色。
因此，当您想要了解某个公司归哪个部门管时，可以先考虑其行业性质，然后咨询当地的市场监督管理部门或相关行业主管部门以获取更准确的信息。希望这个解答能对您有所帮助！