迟到扣工资是否违法，不能一概而论，而是需要结合具体情况来判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：
规章制度合法且合理的情况：
- 如果用人单位在员工手册或劳动合同中明确规定了迟到扣款的制度，并且该制度经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），内容不违反法律法规的强制性规定，同时扣款金额合理（通常不应超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准），那么这种扣款行为是合法的。
- 例子：假设某公司规定，员工迟到一次扣除当月绩效奖金的5%，且该规定已经过职工代表大会讨论通过，并向全体员工进行了公示。在这种情况下，如果员工迟到，公司按照此规定扣款就是合法的。
规章制度不合法或不合理的情况：
- 如果用人单位的规章制度未经过民主程序制定，或者未向劳动者公示，那么这些规章制度对劳动者没有约束力，公司依据此类规章制度进行扣款可能构成违法行为。
- 如果扣款金额过高，或者扣款方式不当（如未提前告知劳动者、一次性扣罚过多等），也可能构成违法扣工资。例如，如果公司规定迟到一次就扣除员工当天的全部工资，这种规定显然是不合理的，也属于违法行为。
- 例子：某公司未经过民主程序制定规章制度，就擅自规定迟到一次扣除员工当天的工资。在这种情况下，如果员工迟到，公司按照此规定扣款就是违法的。
以迟到为由恶意克扣工资的情况：
- 如果公司以迟到为借口，恶意克扣员工工资，这种行为显然违反了《中华人民共和国劳动法》的规定，侵害了劳动者的合法权益。
- 例子：某公司为了节省成本，以员工迟到为由，恶意克扣员工工资，即使员工并未迟到或迟到次数很少。在这种情况下，公司的行为就是违法的。
建议与总结：
- 作为劳动者，在入职前务必仔细了解用人单位的规章制度，特别是关于劳动报酬和考勤管理的部分。如果发现规章制度存在不合法或不合理的情况，应及时向用人单位提出异议或寻求法律帮助。
- 在遇到扣工资问题时，不要慌张或盲目接受，而应及时咨询专业人士（比如我，王艳律师，专注于劳动纠纷领域），了解自己的权益和义务，并采取适当的措施来维护自己的合法权益。
- 用人单位也应确保自己的规章制度符合法律法规的要求，避免因此引发不必要的劳动纠纷。如果确实需要因员工迟到等行为进行扣款，应确保扣款金额合理、方式得当，并提前告知员工。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。