在农村楼顶安装光伏发电系统，从政策层面来看，是受到国家鼓励扶持和推广应用的，这既符合节能减排、绿色发展的理念，也有助于实现碳达峰和碳中和的目标。然而，这并不意味着可以随意安装，而是需要遵循一定的规定和流程，以确保合法合规。

首先，安装前必须进行备案。根据相关规定，在楼顶安装分布式光伏发电项目前，应向当地城建部门或相关管理部门进行备案。这一步骤是确保项目合法性的重要前提，也是后续监管和验收的依据。

其次，安装过程需符合规范。光伏项目的安装应遵循相关的技术标准和操作办法，比如光伏项目安装最高点距离屋面不得超过一定高度（如2.8米，具体数值可能因地区而异），且四面均不得围蔽形成建筑使用空间，不得利用光伏项目增加额外建筑面积。这些规定旨在防止以安装光伏为名进行违法建设，确保项目的安全性和合规性。

再者，严禁利用光伏进行违法建设。有些不法分子可能会假借安装光伏之名，在屋顶搭建采光房、钢棚阁楼等违法建筑物，或者擅自扩大规模的光伏发电设备、在封闭光伏发电设备下方空间围蔽等。这些行为都是违法的，不仅可能面临拆除的风险，还可能受到法律的制裁。

最后，加强监管和执法力度。相关部门会加强对楼顶光伏项目的监管和执法力度，对存在违法建设行为的将坚决依法制止和查处。因此，广大居民在安装光伏时，一定要遵守相关规定和流程，切勿存在侥幸心理。

综上所述，农村楼顶安装光伏发电系统本身是合法的，但必须遵循备案、安装规范、严禁违法建设等原则。如果您有安装光伏的打算，建议先咨询当地城建部门或相关管理部门，了解具体的规定和流程，以确保项目的合法性和安全性。