公司用微信发工资在一定条件下是合法的，但需综合考虑多种因素以确保操作的合规性和双方权益的保障。以下是对此问题的详细分析：

合法性分析

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。微信支付作为一种电子支付方式，技术上满足货币支付的要求，因此从货币形式上并不违反该规定。
   • 《中华人民共和国劳动合同法》及国内各省市地区发布的工资条例规定，用人单位应按时足额给员工发放工资，但并未明确规定具体支付方式。因此，若双方达成协议，且支付过程安全可追溯，微信发工资可视为合法。

2. 双方约定：

   • 劳动合同中如明确约定可通过微信转账发放工资，则该行为合法。建议劳动合同中详细列明工资支付方式及相关细节，如支付时间、支付金额等，以确保双方权益得到保障。

潜在问题与注意事项

1. 证明力问题：

   • 微信记录虽可作为证据，但与银行转账相比，在证明款项性质（明确为工资）方面可能较弱。建议在微信转账留言或聊天记录中注明“工资”用途，并妥善保存相关聊天记录和转账截图，以备不时之需。
   • 在发生争议时，微信转账记录的取证和认证过程可能相对复杂，可能需要第三方（如腾讯公司）的配合。因此，劳动者应提高警惕，及时保存和备份相关证据。

2. 税务合规性：

   • 无论通过何种方式发放工资，企业都应如实申报并缴纳税款。微信发工资需确保税务申报的合规性，避免逃税嫌疑。用人单位应依法履行代扣代缴个人所得税等义务，确保社保、个税缴纳基数准确。

3. 操作建议：

   • 为确保资金安全性和便于管理，建议优先通过正规银行渠道发放工资。银行转账记录更为稳定可靠，更便于劳动者和监管部门查询、核实工资支付情况。
   • 如选择微信转账，应与腾讯公司保持沟通，以便必要时提供支付证明。同时，公司应建立应急预案，确保在微信系统故障或网络延迟等问题出现时，能及时处理并恢复工资的正常发放。

4. 特殊规定与地区差异：

   • 特殊行业或对资金管理有严格要求的企业，需遵循特定财务制度和规定，可能不能仅通过微信发放工资。例如，金融行业、国有企业等可能对工资发放方式有更为严格的要求。
   • 不同地区对工资发放的具体规定可能有所差异，用人单位应遵守当地相关规定进行工资发放。例如，某些地区可能要求工资必须通过银行代发，以确保税收和社保的合规性。

综合建议

虽然微信发工资在一定条件下合法且便捷，但为保障双方权益，减少潜在风险，建议用人单位优先考虑通过正规银行渠道发放工资。同时，应完善劳动合同中的工资支付条款，明确支付方式、支付时间等关键信息，确保支付的合法性与安全性。在选择支付方式时，应充分考虑税务合规性、证据保留以及操作便利性等因素。

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