结论前置：公司仅按基本工资来计算加班费，通常是不合法的。加班费的计算基数应综合考虑劳动合同约定、实际工资情况以及法律规定的支付标准。
法律规定与依据
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位在安排劳动者延长工作时间、休息日工作且不能补休、以及法定休假日工作时，需支付高于正常工作时间工资的工资报酬，具体标准分别为不低于工资的150%、200%和300%。这里的“工资”并非仅指基本工资，而是包括劳动者正常劳动应得的全部工资，如基本工资、绩效工资、奖金、津贴等。
加班费计算基数的确定
有约定从约定：
- 如果劳动合同中明确约定了工资数额，且该约定不低于当地最低工资标准，应以劳动合同约定的工资作为加班费计算基准。若劳动合同中工资项目分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，应将这些项目的总和作为加班费计算基数，而非单独以“基本工资”作为计算依据。
无约定按实际：
- 当劳动合同没有明确约定工资数额或约定不明确时，应以实际工资作为计算基数。实际工资包括用人单位直接支付给劳动者的所有报酬，如工资、奖金、津贴、补贴等（需扣除加班费、伙食补助和劳动保护补贴等）。
加班费支付标准的详细解释
- 延长工作时间：用人单位安排劳动者在日法定标准工作时间以外延长工作时间的，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付加班费。计算公式为：加班费 = 月工资（含基本工资、绩效工资、津贴等）÷21.75÷8×加班小时数×1.5倍。
- 休息日工作：用人单位安排劳动者在休息日工作且不能安排补休的，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的200%支付加班费。计算公式为：加班费 = 月工资（同上）÷21.75÷8×加班小时数×2倍。
- 法定休假日工作：用人单位安排劳动者在法定休假节日工作的，应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班费。计算公式为：加班费 = 月工资（同上）÷21.75÷8×加班小时数×3倍。
实际操作中的合理性与不合理性
- 合理方面：对于工资结构简单、主要以基本工资为主的岗位，如果劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律规定，按基本工资计算加班费可能相对简便易行。然而，这种情况较为罕见，因为大多数劳动者的工资构成都包含除基本工资外的其他收入部分。
- 不合理方面：对于工资结构复杂、包含多种津贴、补贴、绩效工资等项目的员工来说，仅按基本工资计算加班费会显著减少其应得的加班费，损害其经济利益。这种情况下，应按实际工资总额作为计算基数。
劳动者权益保障建议
如果劳动者认为公司按基本工资计算加班费不合理，应首先尝试与用人单位进行协商沟通，要求按照法律规定或合理的方式重新确定加班费计算基数。若协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
综上所述，加班费的计算应综合考虑劳动合同约定、实际工资情况以及法律规定的支付标准。用人单位应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到充分保障。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。