结论：综合工时制下每天工作12小时是否合法，需分情况讨论。在未经劳动行政部门批准或未满足特定条件的情况下，通常是不合法的；但在符合综合工时制规定且经过审批的特定情形下，可能是合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下不合法
法定工时限制：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。因此，在常规情况下，要求工人每天工作12小时显然超出了法定的每日工作时间上限，构成违法行为。
加班限制：
- 即使考虑加班，根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条的规定，用人单位因生产经营需要，可与工会和劳动者协商后延长工作时间，但一般每日不得超过1小时；特殊原因下每日不得超过3小时，且每月不得超过36小时。超出此范围的加班均属违法，即使与劳动者协商一致也不能违反法律规定。
二、特殊情况下可能合法
综合计算工时工作制：
- 部分企业因工作性质特殊，如连续作业或受季节及自然条件限制，可采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的工时制度。在此制度下，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时，但综合计算周期内的总实际工作时间不得超过总法定标准工作时间（例如，一个月约为167小时）。
- 关键点：企业实行此类工时制需经过劳动行政部门的审批，否则仍属违法。同时，即使经过审批，也需确保综合计算周期内的总工作时间不超标，且应依法支付加班费或提供调休等补偿。
不定时工作制：
- 对于企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员等因工作无法按标准工作时间衡量的职工，可实行不定时工作制。在此制度下，企业可不执行每日工作不超过8小时的规定，但同样需经过劳动行政部门审批。
- 注意：不定时工作制并不意味着可以无限制地延长工作时间，仍需遵循劳动法的相关规定，保障劳动者的休息权益。
三、法律责任与救济途径
- 法律责任：若用人单位违法安排劳动者延长工作时间，劳动者可向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门给予警告、责令改正，并可处以罚款。同时，劳动者有权要求用人单位支付相应的加班工资，标准为不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
- 救济途径：劳动者在与用人单位协商无果的情况下，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
四、实际建议
- 对于劳动者：如果发现自己的工作时间超过了法定限制，且不符合上述任何特殊情况或特殊规定，那么应与用人单位协商，要求其改正并支付相应的加班工资。如果协商不成，应及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于用人单位：应严格遵守法律法规，合理安排员工的工作时间和休息时间。如需实行特殊工时制度，应提前向劳动行政部门申请并获得批准。同时，应依法支付加班费或提供调休等补偿，以保障劳动者的合法权益。
总结：综合工时制下每天工作12小时是否合法，取决于是否满足特定条件并经过审批。在大多数情况下，这种安排是不合法的；但在符合综合工时制规定且经过审批的特定情形下，可能是合法的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。