针对您提出的“已归档的案件怎么处理”的问题，这通常取决于案件的性质、归档的原因以及相关法律法规或组织内部规定。以下我将从一般性的角度，结合您提供的参考信息，给出详细解答：
一、案件归档的基本条件与流程
首先，案件归档通常意味着案件已经完成了调查、处理或审判等主要流程，并符合结案条件。这些条件可能包括但不限于：案件已经移送管辖、终止调查、决定不予行政处罚、行政处罚决定执行完毕或终结执行、已经依法申请人民法院或人民政府强制执行等。在符合这些条件后，承办人员会填写《结案呈批表》，并报相关部门负责人批准后结案，随后将办案过程中形成的全部材料整理装订成卷，并按照规定归档。
二、已归档案件的处理方式
经济利益的处置：
- 如果案件涉及违纪行为所获得的经济利益，如贪污、受贿等，根据《中国共产党纪律处分条例》及相关法律法规，这些利益应当被收缴或责令退赔。收缴通常针对的是实施违纪违法行为所获得的财物及其孳息收益，而责令退赔则针对的是违反规定挥霍浪费国有资产等情形。
非经济利益的纠正：
- 对于违纪行为所获得的职务、职级、职称、学历、学位、奖励、资格等其他利益，应当由承办案件的纪检机关或其上级纪检机关建议有关组织、部门、单位按照规定予以纠正。这可能包括撤销不当的职务晋升、取消违规获得的奖励等。
后续配合与监督：
- 结案后，如果有关部门需要开展与本案相关的强制执行、刑事责任、党纪政务责任追究等工作，原承办部门应当予以配合。这确保了案件处理的连续性和有效性。
档案的管理与利用：
- 已归档的案件卷宗应当按照档案管理要求统一保存或交本部门档案室保存。这些档案不仅作为案件处理的记录，还可能在未来作为类似案件的参考或法律依据。因此，档案的管理应当确保合法、完整、真实、准确，并方便后续的查阅和利用。
三、特殊情况的处理
- 对于违纪后下落不明的党员、党组织作出处分决定前死亡的党员，或者死亡之后发现曾有严重违纪行为的党员，如果经调查确属其实施违纪行为获得的利益，也应当依照上述规定处理。这体现了对违纪行为的零容忍态度，无论违纪者是否在世或是否已被处理。
综上所述，已归档的案件处理主要涉及经济利益的收缴或退赔、非经济利益的纠正、后续配合与监督以及档案的管理与利用等方面。具体处理方式还需根据案件性质、相关法律法规或组织内部规定来确定。如果您有更具体的案件背景或需求，建议咨询相关法律专业人士或组织内部相关部门以获取更准确的指导。