招标代理费由中标单位支付，在符合法律法规且事先明确约定的情况下，是合法的。以下是对此问题的详细分析：

一、法律法规基础

1. 《中华人民共和国招标投标法》：该法第十二条规定，招标人有权自行选择招标代理机构，委托其办理招标事宜。这表明招标人与招标代理机构之间存在委托关系，招标代理机构应依法收取代理费用，并按照委托合同约定进行。这是招标代理服务费收取的基本法律依据，强调了合法、公平和透明原则。

2. 政策调整与市场调节：相关政策文件，如《关于放开部分服务价格意见的通知》及后续文件，逐步放开了招标代理服务收费标准，由政府指导价改为市场调节价。这赋予了市场主体更多自主定价空间，但并未否定招标代理机构向中标人收取服务费的合法性。

二、支付主体的常规原则与特定情况

1. 常规原则：在大多数情况下，招标代理费应由招标人（即业主或发包方）承担，因为招标人是招标活动的发起者和受益者。这体现了“谁委托、谁付费”的原则。

2. 特定情况：如果招标文件中有明确规定或合同中有相应条款约定招标代理费由中标单位支付，并且这一约定清晰、无歧义，不违反法律法规的强制性规定，那么这样的做法是合法的。这种约定必须在招标文件中明确，以确保投标人充分了解并接受该条件。

三、实际操作中的注意事项

1. 明确约定：无论采用哪种支付方式，都应在招标文件、委托代理合同等相关文件中明确约定，以避免后续产生纠纷。例如，可以在招标文件中明确：“招标代理服务费由中标人承担，费用标准为XX元，或按中标金额的XX%计算”。

2. 遵循法律法规：在实际操作中，应严格遵循相关法律法规和招标文件的具体规定，确保招标代理费用的支付符合法律要求。例如，不得存在不合理的歧视性或排他性条款，以确保招投标活动的公平、公正和公开。

3. 费用合理性：招标代理机构应合理确定服务费用，避免过高或过低的收费标准。过高的费用可能增加中标人的负担，而过低的费用则可能影响招标代理机构的服务质量。

四、风险与建议

1. 风险：若招标代理费的承担方式不明确或存在争议，可能引发后续纠纷和风险，影响项目的顺利进行。例如，中标人可能以费用承担方式不明确为由拒绝支付招标代理费，导致招标人面临经济损失。

2. 建议：

   • 招标人在招标前应明确费用承担方式，并在招标文件中清晰表述。这有助于避免后续产生不必要的纠纷，确保项目的顺利进行。
   • 中标单位在参与投标时，应仔细审查招标文件中的相关条款，如有疑虑应及时提出质疑或向我咨询。这有助于中标单位了解费用承担方式，避免后续产生纠纷。
   • 如遇纠纷，各方应通过合法途径解决，如协商、调解、仲裁或诉讼等。在解决纠纷时，应依据相关法律法规和招标文件的具体规定进行裁决。

总结来说，招标代理费由中标单位支付并非绝对合法或非法，其合法性取决于招标文件、合同条款以及相关法律法规的具体规定。在实际操作中，建议各方遵循法律法规和行业惯例，确保费用承担方式的明确性、合理性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。