1. 行政处罚层面：

   • 警告与责令改正：若诊所被发现存有过期药品但尚未使用，药品监督管理部门首先会给予警告，并责令其立即改正，以提醒诊所重视药品有效期管理问题，防止过期药品流入市场。
   • 罚款：根据《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，生产、销售劣药（包括超过有效期的药品）的，将面临罚款处罚。具体罚款倍数依据违法情节的轻重来决定，通常为违法生产、销售的药品货值金额十倍以上二十倍以下。例如，若诊所过期药品货值金额为500元，则最低罚款为5000元，最高可达10000元。
   • 没收违法所得和过期药品：执法部门将没收诊所因存有过期药品而可能获得的违法收入（尽管未实际销售，但若存在管理不善等可能导致违法所得的情形，仍可能被没收），并收缴所有过期药品，以防止其继续流入市场危害公众健康。
   • 情节严重时的吊销执业证书：在情节严重的情况下，如诊所多次违规、过期药品数量较多或存在其他严重违法情节，药品监督管理部门还可能吊销诊所的医疗机构执业许可证或药品经营许可证，这意味着诊所将失去合法开展医疗活动或经营药品的资格。

2. 不予处罚的特殊情形：

   • 主动消除或减轻危害后果：若诊所能证明其已采取合理措施防止过期药品流入市场，如及时下架、销毁等，且未造成实际危害后果的，根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，可能被视为无主观过错，从而不予处罚。但诊所应保留相关证据，如销毁记录、下架通知等，以证明其已积极采取措施消除或减轻危害后果。
   • 违法行为轻微并及时改正：对于违法行为轻微并及时改正，没有造成危害后果的，根据《中华人民共和国行政处罚法》，也可以不予行政处罚。诊所若发现过期药品后，立即停止相关管理行为，并采取有效措施进行整改，如加强药品管理、完善效期检查制度等，且未对患者造成损害的，可能符合此情形。

3. 其他后果：

   • 影响信用记录：此类违规行为会被记录在案，对诊所及其负责人的信用状况产生负面影响。这可能导致诊所在后续的医保定点资格申请、医疗机构评级、银行贷款等方面面临不利局面。
   • 民事赔偿责任的风险：尽管在此情形下诊所未实际使用过期药品，但若因管理不善导致过期药品流入市场并被患者使用，且造成患者人身损害的，诊所仍可能需要承担民事赔偿责任，包括但不限于医疗费、护理费、误工费等。

建议：

• 诊所应建立完善的药品管理制度，包括药品的采购、验收、储存、养护、效期管理等环节，确保药品质量安全。
• 定期对药品进行检查，及时发现并处理过期药品，防止其流入市场。
• 保留与药品管理相关的所有记录和文件，以备不时之需。
• 密切关注当地药品监管部门发布的政策和规定，及时了解过期药品处理的最新要求和标准。

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