当村集体土地被个人非法占用时，这确实是一个需要谨慎且依法处理的问题。以下是我为您详细梳理的处理流程和建议，希望能帮助您有效维护村集体的合法权益。

一、明确占用行为的性质

首先，要确认该占用行为是否经过合法审批，是否违反了土地管理法规。如果未经合法审批或违反了相关法规，那么该占用行为就是非法的，村集体有权采取措施进行维权。

二、尝试友好协商与基层调解

1. 友好协商：

   • 村集体可以通过村委会等代表与占用者进行沟通，明确指出土地的集体属性以及非法占用的法律后果。
   • 尝试通过协商解决问题，比如要求占用者停止占用、恢复土地原状，并协商具体的解决方案，如归还土地的时间、赔偿方式等。
   • 双方可以签订书面协议，以确保协商结果的履行。

2. 基层调解：

   • 如果协商无果，村集体可以请求乡镇政府、街道办事处或相关基层调解组织介入调解。
   • 这些组织会依据法律法规和政策进行调解，促成双方达成和解。

三、采取行政手段

1. 向相关部门反映：

   • 村集体可以向当地乡镇政府或县级以上自然资源主管部门报告情况，请求其依法查处非法占用行为。
   • 提交详细的占用情况说明，包括时间、地点、面积、方式及对集体的损害，并附上相关证据，如土地权属证明、现场照片等。

2. 责令退还与拆除：

   • 自然资源主管部门有权责令占用者退还非法占用的土地，并对违法建设进行限期拆除或没收。

3. 罚款与行政处分：

   • 根据违法情节，占用者可能面临罚款处罚。
   • 如果涉及国家机关工作人员，还可能受到行政处分。

四、采取司法手段

1. 民事诉讼：

   • 如果协商、调解和行政手段均无效，村集体可以向人民法院提起民事诉讼。
   • 要求占用者停止侵权、返还土地并赔偿损失。
   • 在诉讼过程中，需要提交充分的证据支持主张，如土地权属证明、占用行为的照片或视频等。

2. 追究刑事责任：

   • 如果占用行为情节严重，构成犯罪（如非法占用农用地罪），村集体应及时向公安机关报案。
   • 公安机关侦查后，将移送检察机关审查起诉，最终由法院依法审判。

五、考虑仲裁途径

如果当事人不愿协商、调解或协商、调解不成，村集体还可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，以解决土地纠纷。

六、加强日常监管与预防

1. 建立健全管理制度：

   • 村集体应加强对土地的日常监管，建立健全的土地管理制度。

2. 定期巡查土地：

   • 定期巡查土地，及时发现并制止私占土地行为。

3. 加强宣传教育：

   • 加强对村民的法律宣传教育，提高大家的法律意识，预防类似问题的再次发生。

综上所述，处理村集体土地被个人占用的问题需要综合运用多种手段，从协商调解到行政司法途径，再到加强日常监管和预防。在整个过程中，村集体应依法依规行动，及时收集并留存证据，确保自身权益得到有效维护。