运载超限物品未按指定路线行驶的，将面临以下处罚：
行政处罚：
- 责令改正：公路管理机构或县级以上道路运输管理机构会责令当事人立即停止违法行为，并按照指定的路线行驶，以确保公路设施的安全和道路运输的合法性。
- 罚款：根据超限程度及违规情节的严重性，罚款金额会有所不同。一般来说，如果车货总高度、宽度、长度未超过一定标准，但未按指定路线行驶，可能会面临200元以上1000元以下的罚款；若超限情况较为严重，罚款金额可能会更高，甚至达到3000元以下。同时，如果存在违法所得，相关部门将没收违法所得，并处以违法所得2倍以上10倍以下的罚款；若无违法所得或不足2万元，将处以3万元以上10万元以下的罚款。
- 扣留车辆：在严重违规的情况下，公安机关交通管理部门有权依法扣留涉案车辆，直至车主或驾驶员提供有效的超限运输许可证或消除超限状态，并按照指定路线行驶。
其他可能的法律后果：
- 警告：对于初次违规或情节较轻的，相关部门可能会给予警告处理，以提醒车主或驾驶员遵守相关规定。
- 吊销驾驶证：如果违规行为严重到构成交通违法，且驾驶员存在重大过失，相关部门可能会吊销其驾驶证，以维护道路交通安全。
- 追究刑事责任：在极端情况下，如果运载超限物品未按指定路线行驶导致严重后果，如交通事故、公路设施损坏等，且驾驶员存在故意或重大过失，可能会构成犯罪，依法追究刑事责任。
重要法律知识点：
- 超限运输车辆通行证的重要性：超限运输车辆通行证是一车一证的，仅限于本超限运输车辆在规定的时间、路线和速度进行道路运输使用。未经许可，不得擅自行驶公路，更不得未按指定路线行驶。
- 地区实施细则：不同地区可能根据本地实际情况，在法律规定的幅度范围内制定具体的实施细则和裁量标准。因此，在具体操作中，还需参考当地的相关规定。
- 预防与建议：为避免处罚和潜在的法律风险，车主或驾驶员应严格遵守相关法律法规，确保在进行超限运输前依法办理相关手续，并按照规定的时间和路线行驶。同时，也应定期检查车辆状态，确保车辆符合道路交通安全标准。
实际案例参考：
假设某车主运载超限物品，但未按指定路线行驶，被交通执法部门查获。经检测，车货总质量超标，且存在违法所得。根据相关规定，该车主可能面临没收违法所得、高额罚款，甚至扣留车辆等处罚。如果违规行为导致交通事故或公路设施损坏等严重后果，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
综上所述，运载超限物品未按指定路线行驶将面临严厉的法律处罚。因此，建议车主或驾驶员在从事超限运输前务必了解并遵守相关法律法规，确保合法合规地进行道路运输。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。