结论前置：工厂在员工自离后扣除工资并非随意进行，而是需要遵循相关法律法规的规定。具体扣除多少天工资，并非固定数值，而是取决于员工实际工作天数、是否给工厂造成经济损失以及扣除后的工资是否低于当地月最低工资标准等多个因素。

详细分析：

1. 工资支付原则：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，即使员工自离，其已提供劳动部分的报酬也不应被剥夺。

2. 经济损失赔偿与工资扣除：

   • 若员工自离给工厂造成了经济损失，如未交接工作导致业务延误、泄露商业机密等，工厂有权要求员工承担赔偿责任。但根据《工资支付暂行规定》第十六条，经济损失的赔偿可从员工工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 计算公式示例：假设员工月工资为5000元，当地月最低工资标准为2000元。若员工自离给工厂造成经济损失，工厂每月最多可扣除的赔偿金额为1000元（5000元的20%），扣除后员工当月至少应领取4000元工资（若实际扣除赔偿后剩余工资高于4000元，则按实际剩余工资支付；若低于4000元但高于2000元，则按实际剩余工资支付；若低于2000元，则按2000元支付）。

3. 实际出勤天数与工资结算：

   • 员工自离后，工厂应根据其实际工作天数计算工资，并在解除劳动关系时一次性付清。例如，若员工当月工作10天，月工资5000元，则应支付约2298元（5000÷21.75×10，其中21.75为月计薪天数）。

4. 公司规章制度与劳动合同的约定：

   • 大多数公司会在规章制度中明确旷工或自离的扣罚标准，但这些规定必须符合劳动法的相关规定，不能随意剥夺员工的劳动报酬。
   • 劳动合同中可能包含关于自离或旷工的特别约定，劳动者在签订劳动合同时应仔细阅读相关条款，了解自己的权利和义务。如果劳动合同中的约定与劳动法相冲突，应以劳动法为准。

5. 维权途径：

   • 如果劳动者对自离后的工资结算有异议，认为公司扣除的金额不合理或违反了劳动法的规定，可以通过与公司的人力资源部门或相关部门进行咨询、协商；
   • 如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉；
   • 必要时可以申请劳动仲裁，通过法律程序来维护自己的合法权益。

建议：

• 对工厂：完善规章制度，明确旷工及自离的处理流程；及时与员工沟通，要求其办理离职手续；通过合法途径追偿损失，避免随意扣薪。
• 对员工：尽量通过书面方式提出离职申请，完成交接；如遇工资被扣，保留考勤记录、工资条等证据，向劳动监察部门投诉或通过法律途径维权。

综上所述，工厂在员工自离后扣除工资需严格遵循法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。同时，员工也应在离职时尽量遵循合法程序，以避免不必要的纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。