建设工程合同纠纷在特定情况下属于专属管辖，但并非所有情形均适用专属管辖。具体分析如下：

一、专属管辖的适用情形

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条的规定，下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：

1. 因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖。建设工程合同纠纷，如果涉及不动产的建设、施工等，通常会被视为与不动产有直接关系的纠纷，因此适用专属管辖原则，即由不动产所在地的人民法院管辖。

二、非专属管辖的情形

然而，并非所有建设工程合同纠纷都适用专属管辖。如果建设工程合同纠纷不涉及不动产的建设、施工等核心内容，或者纠纷的性质更偏向于一般的合同纠纷，如工程款支付纠纷、工程质量纠纷（不涉及不动产本身的质量问题）等，则可能不适用专属管辖原则。在这种情况下，合同双方可以在合同中约定管辖法院，或者根据《中华人民共和国民事诉讼法》的一般规定，由被告住所地或者合同履行地的人民法院管辖。

三、实务中的判断标准

在实务中，判断建设工程合同纠纷是否适用专属管辖，主要依据纠纷是否与不动产有直接关系。如果纠纷的核心是围绕不动产的建设、施工、改造等进行的，那么通常会被视为与不动产有直接关系的纠纷，适用专属管辖。反之，如果纠纷的核心是合同履行、款项支付等一般合同问题，且不涉及不动产本身的质量、权属等，则可能不适用专属管辖。

四、建议

1. 在签订建设工程合同时，合同双方应明确约定纠纷解决方式，包括管辖法院的选择。如果希望适用专属管辖，应在合同中明确约定纠纷由不动产所在地的人民法院管辖。

2. 在发生纠纷时，合同双方应根据纠纷的性质和合同约定，选择合适的管辖法院。如果纠纷涉及不动产的建设、施工等核心内容，且合同未明确约定管辖法院，则应向不动产所在地的人民法院提起诉讼。

3. 在诉讼过程中，合同双方应充分准备证据，证明纠纷的性质和管辖法院的适用性。如果对方提出管辖权异议，应及时回应并提供相关证据支持自己的主张。

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