在处理员工医疗期满后被公司辞退的赔偿问题时，我们首先要明确的是，这涉及到合法解除与违法解除劳动合同两种不同情形，它们的赔偿标准是截然不同的。
一、合法解除劳动合同的情形及补偿
如果员工在医疗期满后，确实无法从事原工作，也无法胜任公司另行安排的工作，那么公司有权在提前三十日以书面形式通知员工，或者额外支付一个月工资作为代通知金后，解除劳动合同。在这种情况下，公司需要按照员工在本单位的工作年限来支付经济补偿：
- 经济补偿计算：每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指员工在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
- 特殊情况：如果员工的月工资高于当地上年度职工月平均工资的三倍，那么经济补偿的标准将按照职工月平均工资的三倍来支付，且支付年限最高不超过十二年。
二、违法解除劳动合同的情形及赔偿
如果公司没有遵循上述法定程序，就直接辞退了医疗期满的员工，或者员工实际上能够胜任新工作却被辞退，那么这种辞退行为就构成了违法解除劳动合同。在这种情况下，公司需要承担的法律责任是：
- 赔偿金计算：按照经济补偿标准的两倍向员工支付赔偿金。也就是说，如果员工在公司工作了三年，月平均工资为5000元，那么合法解除时应支付的经济补偿是15000元，而违法解除时则需要支付30000元的赔偿金。
三、实际操作建议
- 明确辞退性质：在处理此类纠纷时，首先要判断公司的辞退行为是否合法，这是确定补偿或赔偿标准的关键。
- 准确计算金额：根据辞退的性质、员工的工作年限以及月工资等因素，准确计算出应支付的经济补偿或赔偿金。
- 寻求专业帮助：鉴于劳动法律关系的复杂性，建议在处理此类问题时咨询专业律师或劳动监察部门，以确保自己的权益得到充分保护。
四、维权途径
如果员工认为公司的辞退行为违法，或者对赔偿金额有异议，可以通过以下途径来维护自己的合法权益：
- 与公司协商解决；
- 向当地劳动监察部门投诉；
- 申请劳动仲裁；
- 如果对仲裁结果不服，还可以向法院提起诉讼。
综上所述，处理员工医疗期满后被公司辞退的赔偿问题，需要严格区分合法与违法解除劳动合同的情形，并依据相关法律法规来准确计算经济补偿或赔偿金。希望这些信息能对您有所帮助。