当确认劳动关系的案件超过仲裁时效后，法院的处理方式是一个涉及法律程序、证据审查以及利益平衡等多方面的复杂问题。以下是对此问题的详细解答：

一、仲裁时效的法律规定

首先，我们需要明确仲裁时效的法律基础。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，自当事人知道或应当知道自己的权利被侵害之日起计算。这一规定旨在督促权利人及时行使权利，避免证据灭失或难以收集，从而保障劳动争议的及时解决。

二、超过仲裁时效的后果

若确认劳动关系的案件超过了仲裁时效，且不存在时效中止或中断的法定情形，那么劳动者将可能丧失通过仲裁程序主张权利的机会。然而，这并不意味着劳动者完全无法寻求救济。在特定情况下，即使超过仲裁时效，劳动者仍可通过诉讼途径向法院提起确认劳动关系之诉。

三、法院对超过仲裁时效案件的处理原则

1. 主动审查与被动审查：

   • 法院在受理案件后，会依职权主动审查仲裁时效问题，但这一审查通常是在用人单位提出时效抗辩后进行的。若用人单位未提出时效抗辩，法院可能不会主动以超过时效为由驳回劳动者的诉讼请求。

2. 时效抗辩的司法认定：

   • 用人单位需在答辩期内明确提出时效抗辩，并提供相应证据支持。若用人单位逾期提出或未能提供充分证据，法院将不予支持其时效抗辩。

3. 实体审理的特殊情况：

   • 在某些特殊情况下，即使劳动者的仲裁请求超过了时效期间，法院仍可能对案件进行实体审理。这通常发生在用人单位未提出时效抗辩，或者法院认为确认劳动关系对于保障劳动者权益、维护社会公平正义具有重要意义时。

四、法院审理超过仲裁时效案件的具体考量

1. 劳动关系认定的核心证据：

   • 法院在审理此类案件时，会重点审查能够证明劳动关系存在的核心证据，如工资支付记录、考勤记录、工作证件、劳动合同等。这些证据将构成认定劳动关系是否存在的基础。

2. 时效中断与中止的认定：

   • 若劳动者能证明存在时效中断或中止的法定情形，如曾向用人单位主张权利、申请调解或仲裁、因不可抗力或其他正当理由无法在时效内申请仲裁等，法院将可能认定仲裁时效未届满或重新计算。

3. 利益平衡原则的适用：

   • 在审理过程中，法院会综合评估双方当事人的过错程度、社会影响以及公平正义原则等因素。例如，若用人单位长期未与劳动者签订劳动合同且持续用工，可能被视为恶意规避法律义务，此时法院更倾向于支持劳动者的诉求。

五、实际案例中的处理方式

在实际案例中，法院对于确认劳动关系超过仲裁时效的处理方式可能因案情、审判理念及当地司法实践的不同而有所差异。例如，在某些案例中，即使劳动者超过了仲裁时效，但因其提供了充分且连续的证据证明劳动关系的存在，法院仍可能确认双方存在劳动关系。

六、建议与总结

对于劳动者而言，在面临确认劳动关系的问题时，应尽早咨询专业律师并准备相关证据，以确保在仲裁时效内提出申请。若确实超过了仲裁时效，也不要轻易放弃，仍可通过诉讼途径寻求救济，并充分准备证据以支持自己的诉求。

对于法院而言，在处理此类案件时，应严格遵循法律法规，兼顾公平与正义的原则，确保劳动者的合法权益得到妥善保护。同时，也应根据案件的具体情况灵活适用时效制度，避免机械执法导致的不公平结果。