“已归档”和“已结案”在流程上具有不同的含义和阶段，下面我将为您详细解释这两个概念的区别：

已结案：

“已结案”通常指的是一个案件或事务在法律或行政程序上已经达到了一个终结的阶段。在自然资源违法行为的处理中，结案的条件可能包括案件已经移送管辖、终止调查、决定不予行政处罚、行政处罚决定执行完毕、行政处罚决定终结执行，或者已经依法申请人民法院或人民政府强制执行等。一旦满足这些条件之一，承办人员会填写《结案呈批表》，并报请自然资源主管部门负责人批准后结案。结案意味着该案件在法律或行政程序上已经处理完毕，不再进行进一步的调查或处罚。

已归档：

“已归档”则是指将办案过程中形成的全部材料，包括各种法律文书、证据材料、调查报告等，按照规定的顺序和要求进行整理、装订成卷，并交由档案管理部门进行保存的过程。归档是案件处理完毕后的一个重要环节，它确保了案件材料的完整性和可追溯性，为后续的查询、复核或审计等工作提供了便利。归档的材料需要合法、完整、真实、准确，并且文字清楚、日期完备，以保证其法律效力和证据价值。

区别总结：

1. 阶段不同：“已结案”是案件处理的一个终结阶段，而“已归档”则是案件处理完毕后的一个后续管理环节。

2. 内容不同：“已结案”主要关注的是案件的法律或行政处理结果，而“已归档”则关注的是案件材料的整理和保存。

3. 目的不同：“已结案”的目的是宣告案件在法律或行政程序上的终结，而“已归档”的目的是确保案件材料的完整性和可追溯性，为后续工作提供便利。

综上所述，“已结案”和“已归档”在流程上具有不同的含义和阶段，它们共同构成了一个完整案件处理流程的两个重要环节。