基本工资1000元是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况进行综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、与当地最低工资标准的比较

1. 最低工资标准的规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度，具体标准由省、自治区、直辖市人民政府规定，并报国务院备案。用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。

2. 合法性判断：

   • 若基本工资1000元不低于所在地区的月最低工资标准，则合法；反之，若低于该标准，则违法。
   • 举例说明：假设某地区月最低工资标准为1200元，那么基本工资1000元就低于该标准，因此不合法。

3. 注意事项：

   • 最低工资标准可能包含或不包含劳动者个人缴纳的社会保险费和住房公积金等，具体以当地规定为准。在判断时，需要明确当地最低工资标准的具体构成。

二、工资构成及实际发放情况

1. 工资构成：

   • 即使基本工资1000元符合最低工资标准，但还需考虑工资的整体构成。如果劳动合同中约定了基本工资、绩效工资、奖金等，但实际发放时基本工资占比过高，而其他部分几乎无法获得，也可能涉及违法。

2. 实际发放情况：

   • 若员工实际到手工资长期只有基本工资1000元，且工作内容、时间、强度等与之严重不匹配，或用人单位存在故意压低工资以逃避劳动法律责任等不合理情形，也可能被视为违法。

三、特殊行业与岗位

1. 特殊规定：

   • 对于特殊行业、特殊岗位或临时性、非全日制工作，只要支付的工资不低于当地规定的相应小时最低工资标准，即可能是合法的。

2. 判断依据：

   • 在判断时，需要明确该行业或岗位是否有特殊的工资支付规定，以及当地的小时最低工资标准是多少。

四、历史合同的处理

1. 合同效力：

   • 如果劳动合同是以前签订的，且当时约定的基本工资1000元是有效的，但现在已低于当地最低工资标准，那么该约定不再具有法律效力。

2. 用人单位责任：

   • 用人单位应按照当前最低工资标准支付工资，否则将构成违法。

五、加班费等计算

1. 加班费计算依据：

   • 在计算加班费等时，若仍按基本工资1000元计算，且这一数额低于劳动者实际应得的加班费，劳动者有权要求用人单位补足差额。

2. 合法性要求：

   • 用人单位在计算加班费时，应确保按照劳动者实际工资水平进行计算，以符合法律规定。

六、劳动者权益保护建议

1. 了解自身权益：

   • 劳动者应了解自己的工资构成、实际发放情况以及当地最低工资标准等，以确保自己的权益不受侵害。

2. 维权途径：

   • 若认为工资待遇不合法，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁维护自己的权益。在维权过程中，可以寻求工会的支持和帮助。

3. 法律救济：

   • 对劳动仲裁裁决不服的，劳动者可以向人民法院提起诉讼，以进一步维护自己的合法权益。

总结来说，基本工资1000元是否合法取决于多个因素的综合考量，包括当地最低工资标准、劳动合同的具体约定以及工资的实际发放情况等。劳动者应充分了解自己的权益，并在权益受到侵害时及时采取法律措施进行维权。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。