当工厂破产倒闭时，员工的赔偿问题是一个涉及法律权益的重要环节，主要依据《中华人民共和国企业破产法》及相关法律法规来处理。以下是对这一问题的详细解答：

一、赔偿主体与范围

赔偿主体：赔偿主体为破产企业本身，即工厂作为用人单位，在破产清算过程中需依法对员工进行经济补偿。

赔偿范围：

1. 经济补偿金：根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。若劳动者月工资高于当地职工月平均工资三倍，则按三倍数额支付，且补偿年限最高不超过十二年。

2. 欠薪清偿：破产财产优先用于清偿所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用等。

3. 社保与公积金补缴：企业需为员工补缴未缴纳的社保和住房公积金至劳动关系解除之日。

4. 其他法定补偿：包括应划入个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定的其他补偿项目。

二、赔偿程序

1. 债权申报：

   • 管理人（如清算组）成立后，会通知债权人（包括员工）申报债权。
   • 员工需在规定时间内（通常为公告之日起30日至3个月）向管理人提交相关证明材料，如劳动合同、工资单、社保缴纳记录等，以申报工资、补偿金等债权。

2. 债权审核与确认：

   • 管理人对申报的债权进行审核，编制债权表并提交债权人会议核查。
   • 员工对债权表记载的债权有异议的，可要求管理人更正或向法院提起诉讼。

3. 资产变现与分配：

   • 破产财产变现后，按照法定顺序进行分配。员工债权通常属于优先受偿范畴，将优先于普通债权获得清偿。
   • 管理人按法定顺序制定分配方案，经债权人会议表决通过后执行。员工可通过银行转账等方式领取赔偿款。

三、特殊情况处理

1. 未足额缴纳社会保险：员工可向社保机构申请补缴或要求企业赔偿损失。

2. 拖欠工资争议：若对工资金额存在分歧，员工可申请劳动仲裁解决。劳动仲裁是解决劳动争议的一种有效方式，其裁决具有法律效力。

3. 工伤赔偿：工伤员工除经济补偿外，还可主张医疗费、伤残补助金等工伤保险待遇。这些待遇是工伤员工依法享有的权益，应得到充分保障。

4. 非全日制用工与劳务派遣员工：

   • 非全日制用工双方可随时终止合同，用人单位不支付经济补偿，但需结清劳动报酬。
   • 用工单位退回被派遣劳动者后，由劳务派遣单位依法支付经济补偿。若劳务派遣单位破产，其法律责任由出资人或主管部门承担。

四、注意事项

• 员工在申报债权时，应确保提交的材料真实、完整、有效，以便管理人准确审核债权。
• 员工对赔偿金额或程序存在异议时，应及时通过劳动仲裁或诉讼途径维权，避免错过仲裁时效（通常为一年）。
• 在整个赔偿过程中，员工应保持与管理人的良好沟通，及时了解赔偿进展情况。

综上所述，工厂破产倒闭时员工的赔偿问题涉及多个方面，包括赔偿主体、范围、程序以及特殊情况处理等。员工应了解自己的合法权益，并按照法定程序进行申报和维权。