公司考核制度扣工资是否合法，需根据具体情况综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、合法扣减工资的情形

1. 规章制度合法且经过民主程序制定

   • 制定程序：公司必须确保绩效考核制度是通过民主程序制定的，如经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，这些制度需向员工进行公示或告知，确保员工了解并同意。
   • 内容合理：绩效考核标准应明确、具体、可量化，与岗位职责紧密相关，避免主观臆断或模糊不清的标准。
   • 扣减幅度：扣减的工资部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

2. 劳动合同中有明确约定

   • 若劳动合同中明确规定了绩效考核及相应的工资扣减条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，则公司有权根据绩效考核结果扣减工资。

3. 基于劳动者过错

   • 若劳动者因个人原因（如严重失职、违反规章制度等）给公司造成经济损失，公司可按劳动合同约定要求其赔偿，但同样需遵守扣减幅度的限制。

二、违法扣减工资的情形

1. 无制度依据或程序不合法

   • 若公司未制定绩效考核制度，或制度未经民主程序制定，也未向员工公示或告知，则公司无权擅自扣减劳动者的工资。

2. 考核标准不明确或不合理

   • 若绩效考核标准模糊不清，或设置过高几乎无法完成，以此为由扣减工资，则可能被视为违法。

3. 扣减幅度超标

   • 若扣减的工资部分超过员工当月工资的20%，或扣除后的工资低于当地最低工资标准，则公司的行为构成违法。

4. 扣减基本工资

   • 绩效工资应作为奖金部分独立存在，不应与基本工资挂钩。若公司扣减基本工资，则构成克扣工资，属于违法行为。

三、法律后果与维权途径

1. 法律后果

   • 对于违法的扣减工资行为，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发工资并承担相应的法律责任。

2. 维权途径

   • 与公司沟通协商：首先尝试与公司进行沟通，要求公司说明扣减工资的依据并提供相应证据。
   • 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，由其对公司的扣减行为进行调查和处理。
   • 申请劳动仲裁：如果投诉仍未解决问题，劳动者可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁，以维护自己的合法权益。

四、实际案例与启示

• 案例一：某公司因员工绩效不达标而扣减工资，但考核标准模糊不清，且未经民主程序制定。员工因此向劳动仲裁机构申请仲裁，最终公司被要求补发工资并支付赔偿金。
• 启示：公司应确保绩效考核制度的合法性和合理性，避免主观臆断或模糊不清的标准，同时遵守扣减幅度的限制。

总结与建议：

公司考核制度扣工资是否合法，关键在于考核制度的合法性、合理性以及扣减幅度的合规性。作为劳动者，应充分了解自己的权益和法律规定，以便在面对相关问题时能够采取合适的措施进行处理。若遭遇不合法扣减工资的情况，应积极与公司沟通协商，并向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。