农业设施用地建厂房是否算违建，主要取决于建设行为是否符合相关法律法规和规划要求。以下是对此问题的详细分析：

一、合法情形

1. 符合设施农业用地规定：

   • 根据《自然资源部 农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》，若建厂房作为农业生产必要的配套设施（如农产品加工、仓储保鲜等直接服务于农业生产的设施），并依法办理了设施农业用地备案等手续，且未超出规定的用地规模和建设标准，则不属于违建。
   • 此类建设需直接服务于农业生产，不得擅自改变土地用途。

2. 办理农用地转建设用地审批：

   • 依据《中华人民共和国土地管理法》第四十四条及相关规定，若农业设施用地已依法转为建设用地，并完成了相关审批手续，则在该土地上建造的厂房合法，不构成违建。
   • 这包括农业生产设施用房和农业附属设施用房，只要它们符合规定用途和标准。

3. 符合乡村规划：

   • 在某些情况下，即使是在农业设施用地上建厂房，如果建设行为符合当地乡村规划，并获得了相关部门的许可（如乡镇政府的审核批准），也不构成违建。

二、违法情形

1. 擅自改变土地用途：

   • 若在农业设施用地上建设的厂房并非用于农业生产配套设施，而是改为非农业用途（如工业生产、商业经营等），则属于擅自改变土地用途，构成违建。

2. 未办理相关审批手续：

   • 即使建厂房旨在服务农业生产，但若未按规定办理设施农业用地备案或其他必要审批手续，也可能被认定为违建。

3. 超出规定面积和标准：

   • 即使办理了相关手续，若建设的厂房超出了规定的用地规模和建设标准，超出部分仍可能被认定为违建。

4. 违反土地使用规划：

   • 将农业设施用地上的厂房用于与农业生产无关的目的，或建造非农业设施，均违反了土地使用规划，视为违建。

三、实际建议

1. 了解政策与要求：

   • 在使用农业设施用地建厂房前，务必咨询当地自然资源和规划部门或农业农村部门，了解具体的政策和要求，确保建设行为合法合规。

2. 严格遵守规定：

   • 应严格遵守相关法律法规和规章制度，确保农业设施用地的合理使用和开发。不得擅自改变土地用途或超出规定的用地规模和建设标准。

3. 及时办理审批手续：

   • 若需将农业设施用地转为建设用地或建设厂房，应及时办理相关审批手续，确保建设行为的合法性。

总结来说，农业设施用地建厂房是否算违建，关键在于是否依法办理了相关审批手续，以及厂房的实际用途是否符合农业生产需要和土地使用规划。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。