结论前置：工厂员工自离时，用人单位仍需支付其已提供劳动部分的工资。自离并不是工厂不支付工资的合法理由，无论员工是否提前通知离职，都有权要求工厂支付应得的工资。
法律依据与原则
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条及《工资支付暂行规定》第九条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应一次付清劳动者工资。这明确规定了，无论员工是自离还是其他原因离职，只要其提供了劳动，就有权获得相应的劳动报酬。这是劳动法赋予劳动者的基本权利，用人单位不得以员工自离为由拒绝支付工资。
特殊情况处理
当然，也存在一些特殊情况，用人单位可能要求员工承担相应责任，但这并不能成为拒绝支付工资的理由：
造成单位损失：
- 如果员工自离导致用人单位经济损失，如项目延期、客户流失等，用人单位有权按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失。
- 赔偿金额可从员工工资中扣除，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这意味着，即使员工需要赔偿，用人单位也不能全额扣除其工资。
违反服务期约定：
- 若用人单位为员工提供专项培训并约定服务期，员工自离将构成违约，需按约定支付违约金。
- 违约金数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。这限制了用人单位要求员工支付的违约金数额。
维权途径与建议
面对用人单位拒绝支付工资的情况，员工可采取以下措施维护自身权益：
与用人单位协商：
- 首先尝试与单位相关负责人进行沟通，明确表达要求支付工资的意愿，并寻求和解。这是最直接、最快捷的解决方式。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，可向当地劳动监察大队提交投诉，由其对用人单位进行调查并责令支付工资。劳动监察部门具有执法权，能够更有效地督促用人单位履行支付工资的义务。
申请劳动仲裁：
- 如劳动监察部门未能解决问题，员工可向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付工资及可能的经济补偿。仲裁裁决具有法律效力，用人单位必须履行。
- 仲裁时效：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从劳动者知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，员工应及时申请仲裁，以免超过时效期间。
提起诉讼：
- 对仲裁结果不满的员工，可在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。诉讼是最终的解决方式，能够确保员工的权益得到充分保障。
实际操作中的注意事项
- 保留证据：在整个过程中，员工应保留好所有相关证据，包括但不限于劳动合同、工作证、考勤记录、工资条、聊天记录、通话录音等。这些证据将直接影响到员工的维权效果。
- 理性维权：在维权过程中，员工应保持冷静、理智，避免采取过激行为。通过合法途径维护自己的权益，是更有效、更安全的方式。
综上所述，员工自离并不意味着用人单位可以拒绝支付工资。相反，用人单位应依法支付员工已提供劳动部分的工资，并在特殊情况下依法要求员工承担相应责任。员工在遭遇工资纠纷时，也应积极采取合法途径维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。