使用权转让协议的合法性取决于多个因素，包括合同主体、意思表示、内容合法性和形式要求等，具体分析如下：

1. 合同主体适格：

   • 双方当事人必须具有相应的民事行为能力。例如，自然人需年满18周岁且精神正常，法人或非法人组织需具备合法的经营资格和缔约能力。这是合同合法性的基础，确保双方能够理解合同内容并独立承担民事责任。

2. 意思表示真实：

   • 合同签订必须基于双方真实自愿的意愿，不存在欺诈、胁迫或重大误解等情形。如果一方故意隐瞒重要信息或误导对方，导致对方在违背真实意愿的情况下签订合同，该合同可能被认定为无效。例如，在房屋使用权转让中，如果转让方故意隐瞒房屋即将拆迁的事实，导致受让方在不知情的情况下签订转让协议，该协议可能因意思表示不真实而无效。

3. 内容合法合规：

   • 合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。对于使用权转让协议而言，转让的使用权必须是合法取得的，且合同中约定的权利义务需符合法律规定。例如，在土地使用权转让中，必须遵守《土地管理法》等相关法律法规的规定，确保转让行为合法合规。
   • 特殊情形：
     • 房屋使用权转让：其合法性存在争议。一种观点认为，由于使用权房仅享有占有、使用和收益的权利，使用权人不得损害所有权人权益，因此此类合同一般会被认定为无效。另一种观点则认为，使用权的房子在法律上可以买卖，只是价格和交易费用较低。在实际操作中，如果房屋使用权转让符合合同约定且获得出租人同意，同时不违反法律法规的强制性规定，那么该转让行为可能是合法的。但需注意，对于某些特殊性质的房屋，如保障性住房中的廉租房，法律法规明确禁止其使用权转让。
     • 店铺使用权转让：在符合一定条件下是合法有效的。这包括行为人具备民事行为能力、意思表示真实、合同内容合法以及取得出租人同意等。同时，转租期限不得超过承租人剩余的租赁期限，且转让方必须确保自己拥有合法的店铺使用权。

4. 形式符合要求：

   • 如果法律规定该类合同需要采用书面形式或其他特定形式，那么合同应满足相应形式要求。例如，房屋租赁合同期限超过6个月的，应当采用书面形式。对于使用权转让协议而言，采用书面形式可以明确双方的权利义务，减少潜在的纠纷。

法律建议：

• 在签订使用权转让协议前，务必核实双方当事人的民事行为能力、意思表示的真实性以及合同内容的合法性。
• 对于房屋使用权转让，应特别注意是否获得出租人的同意以及是否违反法律法规的强制性规定。
• 对于店铺使用权转让，应确保转租期限不超过承租人剩余的租赁期限，并办理相关登记备案手续（如地区有要求）。
• 建议采用书面形式签订使用权转让协议，以明确双方的权利义务并减少纠纷。

可能后果：

• 如果使用权转让协议因主体不适格、意思表示不真实、内容违法或形式不符合要求而被认定为无效，那么双方将无法依据该协议主张权利或履行义务。
• 在无效合同的情况下，双方可能需要承担返还财产、赔偿损失等法律责任。因此，在签订使用权转让协议前务必谨慎对待并咨询专业律师（即我）的意见。

如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。