在我国，公司对员工罚款的合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况来判断。一般情况下，公司没有直接对员工进行罚款的权力，但在特定条件下，公司的某些经济惩戒措施可能被视为合法。
一、法律依据与一般情况下的不合法性
法律依据缺失：
- 《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》均未明确赋予用人单位对员工进行罚款的权利。罚款作为行政处罚手段，其执行权归属于执法单位，公司并不具备此项权利。
- 自2008年《企业职工奖惩条例》废止后，我国法律未再明确赋予用人单位对劳动者进行罚款的权力，因此，除非有特别规定，否则公司对员工罚款通常被视为不合法。
公司规章制度要求：
- 根据《劳动合同法》，公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。若公司未经此民主程序制定包含罚款内容的规章制度，则该规章制度不合法，依据其进行的罚款也不合法。
- 即使规章制度经过了民主程序，若其中罚款规定违反法律、法规强制性规定（如罚款数额过高，严重影响员工基本生活），也是无效的。
二、特殊情况下的合法性
员工因个人原因给公司造成经济损失：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，若员工因个人原因给公司造成经济损失，公司可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。赔偿金额可从员工工资中扣除，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 这种情况下的扣除工资是基于员工对单位造成的实际损失而承担的赔偿责任，与一般的罚款性质不同，且有明确的扣除比例和底线限制。
公司规章制度中的合理经济惩戒：
- 部分地区司法实践中，如果公司的规章制度是通过民主程序制定，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示，且该规章制度中对于员工某些违规行为设定了类似于“罚款”性质的合理经济惩戒措施，法院可能会根据具体情况予以一定程度的认可。但这并不等同于公司拥有完全自主的罚款权力，且需注意不同地区法院的裁判观点和尺度存在差异。
三、公司处理员工违规行为的合法方式
内部规章制度或合同约定：
- 公司可在劳动合同或员工守则中明确纪律处分措施，包括经济处罚（需在法律允许范围内）。这些规定必须合法、合理，且需事先公示或告知员工。
其他合法手段：
- 对于违反公司规章制度的员工，公司可采取警告、调岗、解除劳动合同等合法手段进行处理。在处理过程中，应确保遵守相关法律法规，保障员工的合法权益。
四、员工权益保护
- 若员工认为公司罚款行为不合法，首先可与公司协商解决；协商不成时，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。劳动行政部门将依法对公司进行调查处理，确保员工权益得到保障。
总结：公司在处理员工违规行为时，应严格遵守相关法律法规，采取合法、合理的手段进行管理和约束。在大多数情况下，由于法律未赋予公司罚款权力，且公司规章制度制定程序和内容需严格遵守法律规定，因此罚款行为往往被视为不合法。然而，在特定情况下（如员工因个人原因给公司造成经济损失），公司有权要求员工赔偿损失，并从其工资中合理扣除。员工在面对公司罚款时，应了解自己的合法权益，并采取适当措施进行维权。