结论前置：在道路因水淹等不可抗力因素导致无法正常通行的情况下，驾驶人选择逆行一般不会被扣分，但需及时向公安机关交通管理部门提出申诉并提供相关证据。以下是对该问题的详细分析：
一、逆行行为的一般处罚
根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，通常会被处以警告或二十元以上二百元以下的罚款。这是对于一般逆行行为的处罚规定，旨在维护道路交通秩序和安全。
二、特殊情况下逆行的合法性分析
不可抗力的考量：
- 当道路因水淹等自然灾害导致正常通行线路无法使用，驾驶人为了保障自身安全和继续通行而选择逆行时，这种逆行行为应被视为特殊情况下的无奈之举，而非故意违法行为。
- 在此类情况下，交通管理部门在认定交通违法行为时，会综合考虑实际情况的合理性，对于因道路水淹而导致的逆行，一般会撤销对逆行的处罚决定。
交通管理部门的认定流程：
- 电子眼抓拍和交警现场执法在认定交通违法行为时，会依据现场情况和相关证据进行综合判断。
- 驾驶人在收到交通违法处理通知书后，如果认为自己的逆行行为是出于无奈且非故意违反交通法规，可以向处理机关提出申诉，并提供相关证据（如现场照片、视频等）来证明当时道路水淹的状况以及自己被迫逆行的无奈。
三、申诉与行政复议流程
提出申诉：
- 驾驶人在收到交通违法处理通知书后，应在法定期限内向处理机关提出申诉。
- 申诉时，应提供详细的情况说明和相关证据，以证明逆行的必要性和合理性。
行政复议：
- 如果申诉未被接受，驾驶人可以依据《中华人民共和国行政复议法》的相关规定，在法定期限内向上一级公安机关交通管理部门申请行政复议。
- 复议机关将审查申诉理由和提供的证据，如果认为申诉成立，可以撤销或变更原处罚决定。
四、特殊场景与注意事项
隧道内行驶：
- 隧道内不允许机动车逆向行驶。如果出现隧道内水位过高无法通行等极端情况，驾驶人应及时报警，由民警现场处置并指挥交通。
- 在交警指挥下确实需要逆向行驶时方可通行，且需确保安全。
积水路面行驶：
- 行车遇到积水路面时，驾驶人不可以随意逆行。只有在存在明确调车标识的情况下逆行操作才被允许。
- 驾驶人应仔细观察水的深度，确保安全通过，避免造成车辆损坏或人员伤亡。
安全驾驶建议：
- 进入积水区域前要与前车保持足够的安全距离，跟着前车路线走以避免隐藏障碍。
- 在积水中行驶时要使用合适的低速档平稳供油，避免突然停车和出水后立即提速。
- 多轻踩刹车让刹车片干燥，确认刹车正常后再正常行驶。
总结与建议：虽然道路被水淹导致逆行一般情况下不会被扣分，但驾驶人仍需谨慎行驶并确保安全。在遇到类似情况时，应及时向公安机关交通管理部门说明情况并提供相关证据，以确保自己的合法权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。