结论前置：开你父亲的车闯红灯，扣分是扣在实际驾驶员（即你）的驾驶证上，而非车主（你父亲）的驾驶证。

详细分析：

1. 扣分原则：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，交通违法行为的处罚对象是实际驾驶人。这意味着，无论车辆登记在谁名下，闯红灯等违法行为的法律责任都应由实际驾驶人承担，包括接受罚款、扣分等处罚。

2. 处理流程：

   • 电子眼抓拍：如果闯红灯行为被电子眼抓拍，电子眼主要记录的是车辆信息。车主（你父亲）在收到违章通知后，可以说明当时实际驾驶车辆的是你。你需要携带自己的驾驶证、身份证以及车辆行驶证，前往当地交警大队或相关违章处理窗口接受处罚。此时，违章扣分就会计入你的驾驶证名下。
   • 交警现场执法：如果闯红灯行为是被交警现场查处的，交警会直接认定实际驾驶人（即你），并开具处罚决定书。处罚决定书中会明确针对你进行处罚和扣分，扣分直接扣在你的驾驶证上。

3. 特殊情况说明：

   • 如果在处理违章时，无法确定实际驾驶人是谁（例如，车辆被多人驾驶且无法明确责任），交警部门可能会将违章记录在车辆上。由于车辆登记在你父亲名下，此时可能会默认由车主来处理违章扣分。但如果你能提供充分证据证明违章时驾车人是你，如行车记录仪视频、证人证言等，仍可让你去处理该违章。

4. 法律后果与建议：

   • 闯红灯是严重的交通违法行为，一次记六分，并处罚款200元。作为驾驶员，你应当严格遵守交通法规，确保安全驾驶，避免违章行为的发生。
   • 如果因闯红灯等违法行为导致交通事故或更严重的法律后果，你不仅需要承担行政责任（如扣分、罚款），还可能需要承担民事责任（如赔偿损失）甚至刑事责任（如构成交通肇事罪）。

总结：开你父亲的车闯红灯，扣分是扣在实际驾驶员（即你）的驾驶证上。作为驾驶员，你应当严格遵守交通法规，确保安全驾驶。如果有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。