公司扣工资是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从多个角度为您详细分析：
一、合法扣工资的情形
代扣代缴法定款项
- 公司可以依法代扣代缴员工的个人所得税、社会保险费用（如养老保险、医疗保险等个人负担部分）、住房公积金以及其他法律、法规规定的应由员工个人负担的费用。这是公司的法定义务，扣减行为合法。
依据合法有效的规章制度
- 如果公司通过民主程序制定了合法有效的规章制度，并且这些制度已向员工公示或告知，那么公司在员工违反规章制度时，有权按照制度规定扣除相应工资。例如，员工旷工或迟到早退达到制度规定的次数，公司可按规定扣除相应工资。但需注意，扣除的金额和方式必须合理，不能侵犯员工的合法权益。
员工给公司造成经济损失
- 若员工因故意或重大过失给公司造成经济损失，公司可以要求员工赔偿，并可从其工资中扣除赔偿费用。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
绩效不达标
- 在绩效考核制度公平、公正且明确规定的情况下，如果员工的绩效工资被判定为不达标，公司可以合法扣减其绩效工资。但同样需确保扣减的金额和方式合理，且不影响员工的基本生活。
事假或旷工
- 员工请事假期间，用人单位可以不支付其工资。员工无故旷工时，用人单位也可以按照公司规章制度或法律规定扣除相应的工资。
二、非法扣工资的情形
规章制度未经法定程序制定
- 如果公司的扣工资制度没有经过民主程序制定，也没有向员工公示或告知，那么该制度对员工不具有约束力。公司依据这样的制度扣减员工工资是不合法的。
扣工资损害员工基本权益
- 公司随意克扣工资，导致员工工资低于当地最低工资标准，或者扣除工资的行为严重影响员工基本生活，均属于非法行为。例如，迟到一次罚款500元，若该罚款导致员工工资低于最低工资标准，则属于非法扣减。
缺乏合理依据的扣工资
- 公司没有合理、明确的理由，仅凭主观判断就扣减员工工资，也是不合法的。这种行为侵犯了员工的劳动报酬权。
未经同意擅自扣除
- 用人单位在未征得员工同意的情况下，擅自扣除员工工资用于其他用途，如捐款、赞助等，属于违法行为。
三、员工维权途径
如果员工认为公司扣减工资的行为不合法，可以采取以下措施来维护自己的权益：
- 与公司沟通协商：首先尝试与公司进行沟通，要求公司说明扣减工资的依据并提供相应证据。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，由其对公司的扣减行为进行调查和处理。
- 申请劳动仲裁：如果投诉仍未解决问题，员工可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁，以维护自己的合法权益。
四、法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第二十五条、第九十一条明确规定了劳动者工资的保护和用人单位不得无故克扣劳动者工资的原则。
- 《工资支付暂行规定》第十六条进一步细化了用人单位可以代扣劳动者工资的情形以及扣减的限额。
总结来说，公司扣工资是否合法需综合考虑多个因素，包括扣减的原因、公司制度的合法性以及是否遵守了相关法律法规等。在任何情况下，公司都应遵守相关法律法规，确保员工的合法权益得到保障。而员工在遭遇不合法扣减时，也应积极采取措施维护自己的权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。