针对您提出的问题，即在高速公路上限速120公里/小时的情况下，车辆行驶速度达到125公里/小时会如何处罚，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，超速行驶是违反交通法规的行为，其处罚依据主要来源于《道路交通安全违法行为记分管理办法》以及《中华人民共和国道路交通安全法》等相关法律法规。

关于记分：

• 根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》的相关规定，驾驶校车、中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆以外的机动车，在高速公路、城市快速路上行驶超过规定时速未达到20%的，一次记3分。但需要注意的是，这一规定是针对超过规定时速未达20%的情况。在您提到的案例中，超速比例为\((125 - 120) \div 120 \times 100\% = 4.17\%\)，这个比例并未达到记分的标准（即未达到20%），因此，在一般情况下，这种超速行为不会直接导致驾驶证被扣分。但这里需要强调的是，不同地区的具体执法尺度可能有所不同，有些地区可能会对轻微超速行为采取更为严格的处罚措施。

关于罚款：

• 依据《中华人民共和国道路交通安全法》及地方交通法规，超速行驶的行为还可能被处以20元以上200元以下的罚款。具体罚款数额由当地交通管理部门根据实际情况确定。在您提到的案例中，虽然超速比例不高，但仍然有可能面临罚款的处罚。

地区差异与特殊情况：

• 需要注意的是，具体的处罚标准可能因地区而异。部分地区可能会设置一定比例的速度容忍范围，在该范围内可能仅作警告处理，而不罚款、记分。然而，这种容忍范围并不是普遍存在的，且具体数值也可能因地区而异。
• 另外，还有一些特殊情况需要考虑，比如某些地区可能对特定类型的车辆或特定路段的超速行为有更为严格的处罚规定。

总结与建议：

• 尽管在您提到的案例中，超速比例不高，且可能不会直接导致驾驶证被扣分，但超速行驶仍然是违反交通法规的行为，且增加了交通事故的风险。因此，我建议您始终遵守交通规则，严格按照限速标志来行驶。
• 同时，我也建议您了解当地的交通法规和执法尺度，以便更好地规划自己的行车行为。如果您对当地的交通法规有疑问或需要了解更多信息，可以咨询当地的交通管理部门或相关机构。
• 最后，安全驾驶是每位驾驶员的首要责任。请始终保持合理的车速，确保行车安全。