违规办理土地证时隔20多年，处理方式需结合具体违法情形、现行法律规定及诉讼时效规则综合判断，核心结论如下：

1. 行政追责层面：可能面临行政处罚或撤销登记，但受时效限制
   根据《行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚（涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，期限延长至五年）。若违规办理土地证的行为（如伪造材料、越权审批等）在20多年前未被发现，且不属于上述例外情形，行政机关原则上无法再对直接责任人（如经办人员、审批人员）处以罚款、警告等行政处罚。
   但需注意：土地登记的合法性审查不受行政处罚时效限制。若土地证存在根本性违法（如土地来源非法、权属争议未解决、登记程序严重违法），利害关系人（如原权利人、相邻权人）仍可依据《民法典》《土地管理法》等规定，向自然资源部门申请撤销或更正登记，或通过行政诉讼要求法院判决撤销登记行为。此时，法院会重点审查登记行为的合法性，而非行政机关是否超期追责。

2. 民事赔偿层面：权利人可主张侵权赔偿，但需证明因果关系
   若违规办理土地证导致他人土地权益受损（如土地被非法占用、权属争议），受损方可在知道或应当知道权益受损之日起三年内（民法典诉讼时效）提起民事诉讼，要求违规办理者（如伪造材料者、协助办理者）赔偿损失。
   关键点：需证明违规行为与损害结果之间存在直接因果关系（如因土地证错误导致土地被转让、抵押）。若时隔20多年，受损方需提供充分证据（如原始登记材料、证人证言、土地使用记录等）证明其权利曾被侵害且未放弃主张。

3. 刑事责任层面：若构成犯罪，追诉时效可能未过期
   若违规办理土地证过程中存在犯罪行为（如贪污、受贿、滥用职权、伪造国家机关公文证件等），根据《刑法》第八十七条，法定最高刑为不满五年有期徒刑的，追诉时效为五年；五年以上不满十年有期徒刑的，为十年；十年以上有期徒刑的，为十五年；无期徒刑、死刑的，为二十年。
   示例：若经办人员收受贿赂后违规办理土地证，涉嫌受贿罪（法定最高刑可能达十年以上有期徒刑），追诉时效可能未过期（尤其若存在连续犯罪或立案后逃避侦查的情形）。此时，公安机关可依法立案侦查，犯罪嫌疑人仍可能被追究刑事责任。

行动建议：

• 若您是利害关系人（如认为土地证侵害您的权益），应尽快收集证据（如土地权属证明、登记材料、违法线索等），向自然资源部门申请撤销登记或提起行政诉讼；若涉及民事赔偿，可同步准备民事诉讼材料。
  
• 若您是违规办理的参与者（如经办人员），需评估行为性质及后果：若仅涉及行政违法且未被发现，可能不再被处罚；但若涉及犯罪，仍可能被追责，建议主动向相关部门说明情况或咨询律师制定应对方案。
  

提示：土地证违规办理问题通常涉及复杂的历史事实与法律关系，具体处理需结合登记材料、行为性质、时效中断情形等综合判断。如有进一步疑问，可直接向我提供案件细节，我将结合具体情形为您分析。